Analisis Keragaman Genetik 28 Nomor Koleksi Kakao (Theobroma cacao L.) Berdasarkan Marka SSR - Ilham Nur ardhi Wicaksono; Rubiyo Rubiyo; Dewi Sukma; Sudarsono Sudarsono (Jurnal Tanaman Industri dan Penyegar, 2017)
Analisis keragaman genetik koleksi plasma nutfah kakao menggunakan marka molekuler mempunyai peranan penting dalam program perakitan klon unggul baru. Ketersediaan klon komersial dan klon unggul lokal meningkatkan peluang keberhasilan perakitan klon unggul baru sehingga analisis keragaman genetik materi tersebut perlu dilakukan. Tujuan penelitian adalah menganalisis keragaman genetik 28 nomor koleksi kakao berdasarkan marka SSR yang berguna dalam pemilihan tetua persilangan. Penelitian  dilakukan  di Laboratorium Terpadu Balai Penelitian Tanaman Industri dan Penyegar (Balittri), Sukabumi, dan Laboratorium Biologi Molekuler Tanaman (PMB), Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor, mulai bulan November 2015 sampai Mei 2016. Analisis keragaman genetik dilakukan pada 28 klon kakao yang terdiri dari 13 klon unggul lokal dan 15 klon komersial. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan prosedur berbasis CTAB (cetyltrimethylammonium bromide). Selanjutnya, DNA diamplifikasi dengan teknik PCR (polymerase chain reaction) menggunakan 20 pasang primer SSR (simple sequence repeats). Hasil penelitian menunjukkan semua marka SSR yang digunakan bersifat polimorfik dengan rata-rata nilai PIC (polymorphism information content) cukup tinggi, yaitu 57%. Pohon filogenetik yang dianalisis menggunakan program DARwin (Dissimilarity Analysis and Representation for Windows) versi 6.05 terbagi menjadi 3 kelompok besar yang menempatkan klon unggul lokal dan klon komersial bersama-sama dalam tiap-tiap kelompok. Klon unggul lokal diduga mempunyai asal usul yang dekat dengan klon komersial yang sudah dibudidayakan di Indonesia. Selain itu,beberapa klon kakao berpotensi menjadi tetua persilangan karena mempunyai jarak genetik cukup jauh. Hasil penelitian menunjukkan bahwa marka SSR merupakan alat bantu cukup potensial untuk menentukan tetua persilangan yang diharapkan dapat meningkatkan peluang heterosis pada keturunannya.