Keragaman Genetik antar Klon Kopi Robusta Lokal Pagar Alam berdasarkan Analisis Marka SSR - Syafaruddin Syafaruddin; Dani Dani; Marcia Bunga Pabendon (Jurnal Tanaman Industri dan Penyegar, 2017)
Kopi Robusta (Coffea canephora var. robusta) merupakan jenis kopi yang paling luas pengembangannya di Indonesia, termasuk wilayah Kota Pagar Alam, Sumatera Selatan. Pada beberapa dekade terakhir, banyak petani di Kota Pagar Alam melakukan seleksi dan rehabilitasi tanaman kopi Robusta secara klonal sehingga terbentuk beberapa populasi klon lokal. Pola tersebut dalam jangka panjang dikhawatirkan akan memusnahkan alel-alel penting dan mereduksi keragaman genetik kopi Robusta lokal di lahan petani. Tujuan penelitian adalah mengetahui keragaman genetik antar klon kopi Robusta lokal Pagar Alam berdasarkan analisis marka SSR. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Balai Penelitian Tanaman Serealia, Maros, mulai bulan Februari sampai April 2017. Karakterisasi molekuler 19 klon kopi Robusta lokal Pagar Alam dilakukan menggunakan 33 marka SSR (Simple Sequence Repeat) polimorfik. Data biner yang dihasilkan selanjutnya dianalisis menggunakan program PowerMarker untuk mengetahui nilai polimorfisme (PIC), jumlah dan keragaman alel, serta nilai heterozigositas. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 33 lokus SSR polimorfik menghasilkan 134 alel dengan rata-rata 4,06 alel/lokus, sedangkan nilai PIC antara 0,09–0,77 dengan rata-rata 0,48. Dari 33 lokus SSR, terdapat 19 lokus (57,58%) yang mempunyai nilai PIC sangat informatif (>0,55). Hasil konstruksi dendrogram menggunakan program NTSYS membagi 19 klon kopi Robusta lokal Pagar Alam menjadi 4 klaster pada koefisien kemiripan genetik 0,53. Salah satu klon, yaitu KPA41 terpisah dalam klaster tersendiri sehingga berpotensi disilangkan dengan klon-klon lainnya. Berdasarkan nilai jarak genetik >0,55 dapat disusun 14 kombinasi persilangan antar klon yang berpotensi meningkatkan keragaman genetik kopi Robusta lokal Pagar Alam.