Analisis Filogenetik dan Jarak Genetik Kopi Robusta (Coffea canephora) Berdasarkan Sekuen Internal Transcribed Spacer (ITS) - Rani Yosilia; Husna Fii Karisma Jannah; Adawiah Adawiah (BioEksakta : Jurnal Ilmiah Biologi Unsoed, 2026)
Kopi robusta (Coffea canephora) merupakan komoditas perkebunan penting yang memiliki nilai ekonomi tinggi dan berperan besar dalam produksi kopi dunia. Informasi mengenai keragaman genetik dan hubungan kekerabatan antar genotipe kopi robusta diperlukan untuk mendukung program pemuliaan tanaman, konservasi plasma nutfah, dan pengembangan varietas unggul. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan filogenetik dan jarak genetik C. canephora berdasarkan sekuens Internal Transcribed Spacer (ITS). Penelitian ini menggunakan data sekuens DNA dari database GenBank NCBI. Sampel yang digunakan terdiri atas 18 aksesi C. canephora dari Brazil, Uganda, Meksiko, Sierra Leone, Filipina, dan Inggris, serta satu spesies outgroup, yaitu Psilanthus ebracteolatus. Panjang awal sekuens berkisar antara 657 dan 842 bp. Rentang ini menunjukkan bahwa data yang dianalisis merupakan fragmen ITS lengkap. Analisis filogenetik dilakukan menggunakan MEGA 12 dengan metode Maximum Likelihood, model substitusi Tamura-Nei, dan uji bootstrap 1000 replikasi. Analisis pairwise genetic distance dilakukan untuk menghitung jarak genetik antar sekuens. Hasil analisis menunjukkan bahwa aksesi C. canephora membentuk satu kelompok utama yang terbagi menjadi beberapa subclade. Sebagian besar aksesi memiliki jarak genetik rendah, yang menunjukkan kemiripan genetik tinggi. Aksesi Uganda membentuk kelompok tersendiri dan memperlihatkan jarak yang tinggi terhadap aksesi non-Uganda. Nilai jarak yang tinggi tersebut perlu ditafsirkan secara hati-hati karena dapat dipengaruhi oleh diferensiasi genetik alami populasi Afrika dan oleh faktor teknis akibat perbandingan fragmen ITS yang belum sama. Temuan ini memberi dasar awal untuk pemilihan aksesi dalam konservasi plasma nutfah dan pemuliaan kopi robusta. Kata kunci: analisis filogenetik, Coffea canephora, ITS, jarak genetik, MEGA 12