DOCKING MOLEKULAR POTENSI ANTI DIABETES MELITUS TIPE 2 TURUNAN ZERUMBON SEBAGAI INHIBITOR ALDOSA REDUKTASE DENGAN AUTODOCK-VINA - Saputri, Karisma Enggar; Fakhmi, Nurul; Kusumaningtyas, Erwinda; Priyatama, Dedy; Santoso, Broto (Chimica et Natura Acta, 2016)
Obat anti-diabetes yang telah dipasarkan seperti Epalrestat, Ponalrestat, Pioglitazone dan Sitagliptin serta turunan zerumbon pada penelitian sebelumnya memiliki aktivitas anti diabetes, perlu diketahui bagaimana mekanisme interaksinya terhadap protein target aldosa reduktase (2HV5). Protein target aldosa reduktase dipreparasi menggunakan UCSF Chimera. Penelitian ini telah dilakukan dengan menggunakan ligan uji termasuk empat senyawa tersebut, yaitu ligan dataset (50 senyawa) dan decoys dari dude.docking.org, dan 25 senyawa turunan zerumbon. Semua ligan dilakukan docking molekular menggunakan Program PyRxÂ  dengan program Vina dan AutoDock (Lamarckian Genetic Algorithm (LGA), Genetic Algorithm (GA) dan Monte Carlo Simulated Annealing (SA)). Hasil yang diperoleh berupa nilai binding affinity (kkal/mol) ligan terhadap protein. Program PyMOL dan PLIP (Protein Ligand Interaction Profiler) digunakan untuk memvisualisasikan konformasi 3D molekul dan interaksi ligan-protein. Perangkat keras yang digunakan komputer personal dengan spesifikasi prosesor IntelÂ® Atom(â¢) CPUN2600 @ 1,60 GHz, RAM 2GB, Windows 7. Hasil docking didapatkan bahwa ZER (SA, -6,99 kkal/mol), ZER08 (vina, -10,9 kkal/mol) dan ZER11 (LGA, -11,26 kkal/mol dan GA, -11,17 kkal/mol) mempunyai nilai binding affinity lebih baik dibandingkan dengan keempat senyawa obat tetapi, nilai ini tidak lebih baik dibandingkan dengan ligan natif, dataset dan decoys. Hasil interaksi ligan-protein yang terjadi melibatkan residu PHE-122 dan VAL-47, dan hal ini ditemukan sama untuk ketiga senyawa turunan zerumbon tersebut dengan ligan natif. Ketiga turunan zerumbon ini dapat dilanjutkan uji aktivitas in vitro di laboratorium.