TEKNIK IDENTIFIKASI MIKROORGANISME SECARA MOLEKULER - Gintung Patantis; Yusro Nuri Fawzya (Squalen, Buletin Pascapanen dan Bioteknologi Kelautan dan Perikanan, 2009)
Akhir-akhir ini bioprospeksi mikroorganisme laut semakin populer dan banyak  diminati karena potensinya yang menjanjikan sebagai sumber komponen bioaktif baru. Identifikasi mikroorganisme merupakan salah satu tahapan yang penting dalam bioprospeksi. Perkembangan identifikasi mikroba diawali dengan identifikasi melalui ciri-ciri morfologi, fisiologi, dan metabolisme. Namun adanya kekurangan-kekurangan metode ini yaitu berupa ketidakakuratan dan waktu identifikasi yang lama menjadikan metode secara molekuler lebih berkembang. Pada bakteri, 16S ribosom deoxyribonucleic acid (rDNA) mempunyai daerah sekuen yang konservatif sehingga dapat digunakan untuk menduga hubungan kekerabatan secara alami  antar  spesies. Sedangkan pada kapang digunakan 18S rDNA dan daerah internal transcribed spacer (ITS) untuk identifikasinya. Tahapan identifikasi dengan metode molekuler meliputi ekstraksi deoxyribonucleic acid (DNA), amplifikasi DNA, sekuensing, analisis hasil sekuen, dan pembuatan pohon filogenetik. Balai Besar Riset Pengolahan Produk dan Bioteknologi Kelautan dan Perikanan (BBRP2B-KP) memiliki  koleksi mikroba potensial penghasil enzim kitosanase, kitinase, dan protease dari berbagai sampel dari lingkungan laut. Berdasarkan pohon filogenetik  beberapa isolat koleksi memiliki kemiripan 87–96% dengan Staphylococcus caprae, Stenotrophomonas maltophilia, Acinetobacter sp., Bacillus licheniformis, Geobacillus stearothermophilus.