Isolasi, Seleksi dan Identifikasi Genotipik 16 S-rRNA Bakteri Proteolitik Indogeneus Dari Ekosistem Mangrove Karimunjawa Sebagai Kandidat Konsursium Probiotik Untuk Bioremediasi Limbah Organik Tambak - Muhammad Zainuddin (Akuatik: Jurnal Sumberdaya Perairan, 2017)
Penelitian ini merupakan tahap awal yang bertujuan untuk melakukan isolasi, seleksi dan identifikasi genotipik 16 S- rRNA bakteri proteolitik indogeneus dari ekosistem mangrove sebagai kandidat konsursium probiotik untuk bioremediasi limbah organik tambak. Target kusus yang ingin dicapai pada penelitian ini adalah mendapatkan isolat bakteri yang mampu menghasilkan enzim proteolitik ekstraseluler yang berfungsi melakukan proses remidiasi protein. Penelitian ini terbagi menjadi 5 tahap yaitu sampling, isolasi, purifikasi, uji proteolitik, uji antagonis, dan identifikasi genotipik 16 S-rRNA. Hasil sampling di Karimunjawa ditemukan 8 jenis mangrove yang menyusun populasi hutan mangrove. Jenis – jens tersebut adalah A alba, Avicennia marina, R mucronata, Sonneratia caeseolaris, Rhizophora apiculata, Nypa fruticans, Bruguiera cylindrical dan Aegiceras corniculatum. Hasil isolasi, inokulasi dan purifikasi bakteri yang memiliki aktivitas proteolitik didapatkan sebanyak 56 isolat. Tiga isolat mempunyai aktivitas paling tinggi adalah isolat 44, isolat 17 dan isolat 30 yaitu sebesar 27,77 ab; 30,67 b dan 40,63 c. Hasil uji antagonis menunjukkan bahwa 10 isolat terbaik saling tidak antagonis. Hasil pengamatan OD isolat 30 menunjukkan bahwa fase lag terjadi pada jam ke-0 hingga ke-4 jam pertama. Fase logaritmik (eksponensial) terjadi pada jam ke-4 hingga ke-12 jam. Selanjutnya pada jam ke-12 hingga jam ke-42 bakteri mengalami fase penurunan yaitu kematian. Bakteri memiliki nilai jumlah generasi sebesar 7,113; waktu generasi sebesar1,686 jam dan laju pertumbuhan bakteri sebesar 0,410 jam-1. Hasil pengamatan aktivitas protease bakteri menunjukkan bahwa jam ke-0 hingga ke-6 jam merupakan fase aktivitas protease awal. Pada waktu inkubasi ke-6 hingga ke-18 jam merupakan fase aktivitas protease eksponensial. Pada jam ke-24 hingga akhir waktu pertumbuhan jam ke-48, aktivitas protease bakteri mengalami fase penurunan. Bakteri memiliki nilai aktivitas spesifik sebesar 122,4 IU/mg; total aktivitas protease sebesar 2307,3 IU dan aktivitas protease sebesar 3,296 IU/ml. Hasil amplifikasi dan fisualisasi engan gel dox menunjukkan bahwa isolat 30 menghasilkan single band (pita tunggal) dengan ukuran sekitar 1.300 bp (base pair). Hasil BLAST homologi menunjukkan bahwa isolat 30 memiliki homologi sebesar 97% dengan bakteri Bacillus aquimaris.