GEN PENCIRI TUMBUH CEPAT SEBAGAI INDIKATOR SELEKSI PADA BENIH UDANG WINDU, Penaeus monodon - Haryanti Haryanti; Fachrudin Fachrudin; Ida Komang Wardana; I Gusti Ngurah Permana; Ketut Mahardika; Sari Budi Moria Sembiring (Jurnal Riset Akuakultur, 2016)
Di antara penyebab terjadinya kegagalan produksi udang windu, P. monodon selain penurunan kualitas lingkungan dan penyakit adalah penurunan sifat genetik. Salah satu metode yang diterapkan dalam perbaikan mutu genetik (pertumbuhan, ketahanan terhadap penyakit) adalah dengan mendapatkan gen pengontrol sifat tertentu. Penelitian ini bertujuan mendapatkan gen penciri tumbuh cepat untuk indikator atau penyandi seleksi pada benih udang windu, P. monodon. Sebelas induk udang (F-0) menghasilkan benih dengan ukuran berbeda. Untuk mendapatkan gen penciri dilakukan analisis mikrosatelit/SSRs (Simple Sequence Repeats) dengan 13 primer (F/R) pada benih udang yang tumbuh cepat, sedang, dan lambat melalui sequencing. Konfirmasi adanya gen penciri yang digunakan sebagai indikator tumbuh cepat pada benih udang selanjutnya dianalisis dengan metode SSCP (Single Strand Confirmation Polyacrilamide). Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa udang tumbuh cepat dapat disandi oleh locus PmMS11-A pada fragmen DNA dengan berat molekul 144 bp. Tingkat keakuratan penyandian gen tersebut pada benih tumbuh cepat sebesar 60%, sedangkan pada benih tumbuh sedang dan lambat masing-masing hanya 20%. Hasil sequencing mikrosatelit dan konfirmasi dengan analisis SCCP menunjukkan bahwa lokus PmMS-11A merupakan gen penciri untuk pertumbuhan cepat pada udang P. monodon.