EFEKTIFITAS MIKROSATELIT INRA - 23 DAN INRA - 32 SEBAGAI PENANDA GENETIK KERBAU (Bubalus bubalis) - Roisatul Ainiyah (Fakultas Pertanian Universitas Yudharta Pasuruan, 2016)
Penanda molekuler didefinisikan sebagai segmen DNA tertentu yang mewakili perbedaan pada tingkat genom. Mikrosatelit adalah salah satu penanda genetik. Mikrosatelit adalah sekuen DNA yang berulang, dimana satu motif mengandung satu sampai enam pasang basa yang diulang secara tandem dalam sejuml ah waktu. Saat ini banyak sekali penelitian yang dalam prosesnya melibatkan Penanda mikrosatelit. Informasi tentang keefektifan dan keinformatifan suatu mikrosatelit sangat dibutuhkan untuk membantu para peneliti dalam menentukan Penanda yang sesuai dengan kebutuhan penelitian mereka. Oleh karena itu penelitian bertujuan untuk mengetahui tingkat efektifitas antara mikrosatelit INRA - 23 dengan INRA - 32. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah darah kerbau, terdiri dari 16 sampel dari dua populasi kerbau yang berbeda. Penelitian laboratorium dilakukan dengan pendekatan molekuler analisis DNA, meliputi kegiatan isolasi DNA, elektroforesis agarosa, PCR, dan elektroforesis poliakrilamid menggunakan dua macam primer, yaitu INRA - 23, dan INRA - 32. Data hasil pengamatan berupa pita ( band) DNA dianalisis menggunakan GENEPOP ver3.1d option 3 - 1 dan 3 - 3. Hasil penelitian menunjukkan frekuensi alel pada lokus INRA - 23 populasi 2 lebih tinggi dibanding populasi 1 , s edangkan frekuensi alel pada lokus INRA - 32 populasi 1 lebih tinggi daripada populasi 2. Rerata nilai heterozigositas populasi 1 yang diharapkan lebih tinggi (60%) dibandingkan dengan nilai heterozigosi tas yang teramati (50%) (tingkat heterozigositas rendah). Sedangkan, rerata nilai heterozigositas populasi 2 yang teramati lebih tinggi (62,5) dari pada nilai heterozigositas yang diharapkan (56%) (tingkat heterozigositas tinggi ). nilai polimorfisme (PIC) pada populasi 1 (0,49%) lebih rendah dari pada populasi 2 (0,51%) . Dari sini dapat dikatakan bahwa lokus INRA - 23 lebih informatif dibanding lokus INRA - 32. Tetapi selisih nilai polimorfisme kedua lokus tersebut tidak terlalu tinggi, sehingga keduanya merup akan lokus yang cukup informatif untuk digunakan.