Phylogenetic Tree dari Empat Isolat Edwardsiella Tarda di Indonesia - Narwiyani, Siti; Kurniasih, Kurniasih (Universitas Atma Jaya Yogyakarta, 2011)
Penelitian ini bertujuan mengetahui adanya kemungkinan subspecies Edwardsiella tarda secara molekuler. Edwardsiella tarda dapat diisolasi dari ikan Tilapia dan air yang tercemar dan diidentifikasi secara PCR dengan amplifikasi gen hemolysin. Isolat E. tarda diperoleh dari ikan nila (Yogyakarta), lele (Semarang dan Jambi), kura-kura impor (Brazilia), ikan mas (Pontianak). Isolat atipikal E. tarda (ATCC) dari Singapura digunakan sebagai pembading 4 isolat E. tarda dari Indonesia. Semua isolat E. tarda diekstraksi, diamplifikasi rRNA pada SSU 16S dan disequencing. Hasil sekuensing allignment menggunakan program CLUSTAL W versi 1.8. Selanjutnya dianalisis dengan metode neighbour-joining dan metode maximum parsimony untuk menghasilkan pohon phylogenetik (Saitou dan Nei, 1987). Phylogenetic tree menunjukkan bahwa 3 isolat E. tarda dari ikan merupakan strain yang sama dibanding E. tarda dari kura- kura Brazil dan isolat ATCC yang berasal dari manusia.