OPTIMASI MELTING TEMPERATURE PRIMER DEGENERATE PADA SUHU 60°C GEN ERM(T) (ERYTHROMYCIN RIBOSOME METHYLASE) YANG RESISTENSI TERHADAP BAKTERI Streptococcus pyogenes - ., Karina Mawarnursavira (Jurnal Mahasiswa Farmasi Fakultas Kedokteran UNTAN, 2019)
Resistensi eritromisin ditandai dengan adanya gen erm(T) yang mengkode terjadinyaresistensi. Gen ini terletak di plasmid bakteri Streptococcus pyogenes. Gen erm(T)menyebabkan terbentuknya enzim metilase yang akan memodifikasi adenin pada 23S rRNA,sehingga obat sulit berikatan dengan subunit ribosom 50S bakteri. Pendeteksian resistensidapat dilakukan dengan metode PCR yang membutuhkan primer dengan spesifitas tinggisebagai bahan utama. Optimasi melting temperature pada desain primer bertujuan untukmendapatkan primer dengan spesifitas yang tinggi. Metode yang digunakan yaitu kajianmolekuler secara in silico berbasis bioinformatika menggunakan NCBI untuk mengambildata nukleotida. Optimasi melting temperature dan perancangan primer dilakukan denganmenggunakan Prime3Plus. Data sekuensing dianalisis dengan menggunakan OligoAnalyzer3.1 Primer dirancang berdasarkan data GenBank: NC_019252.1. Satu pasang primer terbaikdidapatkan dari lima kandidat primer hasil optimasi pada suhu optimum 60°C. Susunannukleotida primer forward yaitu 5‟– ACCGCCATTGAAATAGATCC–„3 dan primer reverse5’–CGAGCTATT AACTCTAGGTTTTGG – „3. Amplikon pasangan primer terbaik yaitu351bp. Primer forward memiliki panjang basa 20bp, nilai Tm 60,1°C, % GC sebesar 45 % ,hairpin dengan nilai ΔG = 0,63 kcal/mol, self dimer dengan nilai ΔG = -4.62 dan primerreverse dengan panjang 24 bp, Tm 60,9 °C, % GC sebesar 41,7 % , hairpin dengan nilai ΔG= -1,4 kcal/mol, self dimer dengan nilai ΔG = -6.34 serta cross dimer dengan ΔG = - 5,98kcal/mol. Pasangan primer terbaik terdapat pada kandidat primer kedua dengan meltingtemperature optimum 60°C. Kata Kunci : Melting temperature, gen erm(T), Streptococcus pyogenes, desain primer