DETEKSI POLYMORPHISME DENGAN SUBSTITUSI NUKLEOTIDA TUNGGAL PADA Streptococcus agalactiae ISOLAT LOKAL INDONESIA - Angela Mariana Lusiastuti; Helga Seeger; Desy Sugiani; Tatik Mufidah; Hessy Novita (Pusat Riset Perikanan, 2015)
Kasus penyakit pada budidaya ikan nila di wilayah di Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Sulawesi Utara dan Papua Barat, disebabkan Streptococcus yang menyebabkan penyakit Streptococcosis di mana 80% disebabkan oleh grup B S. agalactiae. Tujuan penelitian ini adalah melakukan deteksi pada nukleotida isolat S. agalactiae untuk mengetahui sampai sejauh mana terjadinya nukleotida polimorfisme tunggal (SNP) pada isolat tersebut. Identifikasi menggunakan PCR dilakukan terhadap 16S rDNA dan primer spesifik spesies terhadap S. agalactiae yaitu agal I 5’-ATAAGAGTAATTAACACATGTTAG-3’ (forward) dan agal II 5’-ACTTCGGGTGTTACAAAC-3’(reverse) dengan target 1250 bp. Produk PCR diamplifikasi terlebih dahulu menggunakan tujuh pasangan primer oligonukleotida yang berbeda yang didesain dari sekuens genom NEM316 GBS. Sekuens yang diperoleh dibandingkan dengan sekuens di Gene Bank database menggunakan National Center for Biotechnology Information Blast search tool. Hasil yang diperoleh ternyata ada dua basa yang berubah yaitu pada basa 24 dan basa 167. Pada basa 24 jelas terjadi subtitusi basa baru yaitu G, yang seharusnya tidak ada basa tersebut pada gen adhP-54 dan adhP-49 standar. Sedangkan pada basa 167 terjadi perbedaan basa dari seharusnya A pada standar menjadi G pada isolat 2.