OPTIMALISASI PCR IKAN TONGKOL KRAI (Auxis thazard) DAN LISONG (Auxis rochei) PADA ANALISIS KERAGAMAN GENETIK - Raymon Rahmanov Zedta; Bram Setyadji (Pusat Riset Perikanan, BRSDM KP., 2019)
Ikan tongkol lisong dan krai merupakan salah satu jenis tuna yang berperan nyata untuk usaha perikanan tangkap di Indonesia. Pengelolaan sumberdaya ikan tersebut harus selalu dapat dilakukan untuk menjaga tingkat pemanfaatannya supaya tidak lebih tangkap. Kajian keragaman genetik merupakan salah satu teknik dalam pengelolaan pemanfaatan sumberdaya perikanan dengan cara mengetahui tingkat keragaman genetik pada suatu struktur populasi. Kajian keragaman genetik ini diharapkan dapat menjadi basis kajian stok dan opsi dalam pengelolaan sumberdaya perikanan tongkol agar pemanfaatannya dapat dilakukan secara berkelanjutan. Awal mula analisis keragaman genetik dilakukan dengan memperbanyak DNA secara in vitro menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Keberhasilan proses PCR dipengaruhi oleh beberapa faktor seperti suhu dan waktu penempelan oligonukleotida primer. Berdasarkan hal tersebut, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui suhu dan waktu optimal pada primer Aro2-38. Sampel penelitian diperoleh dari hasil tangkapan pukat cincin yang didaratkan di PPN Palabuhanratu, Jawa Barat. Optimasi PCR menggunakan 12 suhu dan 2 waktu penempelan yang berbeda yaitu : 520C; 52,80C; 540C; 55,50C; 57,20C; 59,10C; 60,90C; 62,80C; 64,50C; 65,90C; 67,20C dan 680C, dan suhu penempelan 30 dan 15 detik. Hasil analisis menunjukkan bahwa produk PCR optimum (menghasilkan pita alel DNA) pada ikan tongkol krai berhasil waktu penempelan 30 detik dengan rentang suhu 52-540C. Sedangkan pada sampel ikan tongkol lisong, produk PCR yang optimum muncul pada waktu penempelan 15 dan 30 detik, dengan rentang suhu 52-60,90C.Frigate and bullet tuna constitute one of tuna species that plays a significant role in Indonesian fishing business. Management of fisheries resources must always be done to maintain the level of utilization so that it is not excessive. Genetic study is one of techniques in managing fisheries resource utilization by knowing the level of genetic diversity in a population structure. This genetic diversity study is expected to be the basis and option in the management of tuna fishing resources so that their utilization can be carried out sustainably. Genetic diversity analysis is start by multiplying fish DNA using PCR (Polymerase Chain Reaction) technique. The success of the PCR process is influenced by several factors such as temperature and time of primary oligonucleotide attachment. Based on this, this study aims to determine the optimal temperature and time in primers Aro2-38. The research sample was obtained from the catch of purse seine landed in PPN Palabuhanratu, West Java. PCR optimization uses 12 temperatures and 2 different annealing times: 520C; 52.80C; 54ÚC; 55,50C; 57.20C; 59.10C; 60.90C; 62.80C; 64,50C; 65,90C; 67.20C and 680C, and the annealing times are 30 and 15 seconds. The results of the analysis showed that the optimum PCR product (producing DNA allele bands) on the cretaceous tuna was successfully pasted for 30 seconds with a temperature range of 52-540C. Whereas in the sample of tuna lisong, the optimum PCR product appeared at the time of attachment of 15 and 30 seconds, with a temperature range of 52-60.90C.