IDENTIFIKASI DAN KARAKTERISASI GEN CALPAIN (CAPN1) PADA KAMBING KACANG (Identification and Characterization of the Calpain Gene (CAPN1) in Kacang Goat - sri rezeki; T Zahrial Helmi; Herrialfian Herrialfian; M Hasan; M Jalaluddin (JURNAL ILMIAH MAHASISWA VETERINER, 2019)
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan dan karakteristik gen calpain untuk perbaikan mutu genetik pada kambing kacang (Capra hircus). Sampel penelitian yang digunakan adalah darah yang diambil dari 5 ekor kambing kacang yang dipelihara di UPT Hewan Coba FKH Unsyiah Banda Aceh. Tahap pertama dilakukan isolasi DNA dari darah, tahap kedua dilakukan elektroforesis, hasil ekstraksi kemudian dilanjutkan dengan optimasi suhu annealing, amplifikasi dan sekuensing. Hasil sekuensing dianalisis menggunakan software program Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) dan Clustal W dari program Mega 6.01. Hasil optimasi suhu annealing diperoleh suhu 56°C merupakan suhu yang tepat untuk melakukan amplifikasi. Semua sampel yang diteliti amplifikasi gen calpain diperoleh hasil sepanjang 709 bp sesuai dengan primer yang digunakan. Hasil analisis program BLAST dan program Mega 6.01. menunjukkan kekerabatan yang sangat dekat, ditandai dengan berada pada satu cabang dari pohon filogenetik dan hasil urutan gen calpain (CAPN1) kambing kacang (Capra hircus) memiliki kedekatan dengan gen calpain Capra hircus breed Barbari sebesar 98%. Hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa gen calpain pada kambing kacang yang teramplifikasi sepanjang 709 bp, dan mempunyai kedekatan sekuen nukleotida dengan gen calpain pada beberapa jenis kambing lainnya dan dapat digunakan untuk perbaikan mutu genetik kambing kacang.(The aim of this research was to find out the presence and characteristics of calpain genes for the improvement of genetic quality in kacang goat (Capra hircus). The sample for research using blood taken from 5 Capra hircus which kept in UPT Animal Laboratory of FKH Unsyiah, Banda Aceh. The first stage is DNA isolation from blood, the second stage is electrophoresis, the extraction then continued with optimization of annealing temperature, amplification and sequencing. The results of sequencing analyzed using software program named Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and Clustal W from program Mega 6.01. Annealing temperature optimization results obtained temperature of 56 ° C is the proper temperature to do amplification. All samples studied with calpain gene amplification gained results of 709 bp according to the primary used. Results of BLAST program analysis and Mega 6.01 program. shows a very close genetic relationship, characterized by being on the same branch of phylogenetic tree and the result sequence of calpain gene (CAPN1) of the goat (Capra hircus) possessing proximity to the calpain genes Capra hircus breed of Barbari by 98%. The results of this study can be concluded that the calpain gene in Capra hircus is amplified by 709 bp, and has the adjacency of nucleotide sequence with the calpain gene in some other types of goats and can be used as a genetic improvement for Capra hircus).