STUDI IN SILICO POTENSI DNA BARCODE PADA ANGGREK LANGKA Paphiopedilum - Mukhamad Su'udi (Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP Unpas,, 2018)
Anggrek adalah tumbuhan berbunga yang memiliki nilai komersial tinggi. Eksploitasi anggrek yang berlebihan menyebabkan keberadaannya di alam berkurang. DNA barcoding dapat menjadi alat yang efektif untuk deteksi anggrek langka seperti Paphiopedilum. Metode yang dilakukan dalam DNA barcoding anggrek Paphiopedilum adalah dengan studi in silico menggunakan Genbank (NCBI). Sekuen DNA dikoleksi dari database pada NCBI dengan cara menulis nama spesies dan gen yang dimaksud (matK, rbcL, dan ITS). Selanjutnya data dianalisis menggunakan CLUSTAL X untuk menentukan tingkat homologi antar sekuen melalui penjajaran sekuen, identifikasi sekuen yang berpotensi sebagai barcode, dan pembuatan pohon filogenetik. Analisis bioinformatik menunjukkan bahwa hasil alignment dengan menggunakan lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, meski demikian matK dapat menunjukkan karakter spesifik dari P. sangii yang dapat dijadikan sebagai barcode. Sedangkan ITS memiliki tingkat variasi genetik yang lebih tinggi dan homologi yang rendah daripada matK dan rbcL. Barcode P. sangii dihasilkan dari lokus matK. Sedangkan pada lokus rbcL, semua spesies memiliki tingkat homologi yang tinggi, sehingga tidak mendapatkan sekuen yang berpotensi sebagai barcode. Variasi genetik yang tinggi dapat dipelajari pada lokus ITS, namun tidak ditemukan sekuen yang berpotensi sebagai barcode.