OPTIMASI TEKNIK ISOLASI DAN PURIFIKASI DNA YANG EFISIEN DAN EFEKTIF PADA KEMIRI SUNAN (Reutalis trisperma (Blanco) Airy Shaw) - SYAFARUDDIN SYAFARUDDIN; TRI JOKO SANTOSO (Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan, 2011)
ABSTRAKKemiri sunan merupakan salah satu tanaman penghasil biodieseldengan potensi yang sangat besar disamping pemanfaatannya sebagaitanaman konservasi. Minyak kemiri sunan mengandung racun sehinggatidak dapat dikonsumsi. Dikatakan bahwa asam α-eleostearat dengankandungan 50% dalam minyak merupakan senyawa yang mengakibatkanminyak kemiri sunan beracun. Sebagai tanaman yang potensial, makasangat diperlukan informasi lengkap tentang tanaman tersebut, termasukanalisis DNA. Berbagai teknik dapat dilakukan untuk mengisolasi DNAtergantung dari jenis tanaman, organ tanaman, atau jaringan tanaman yangdigunakan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan teknik isolasi danpurifikasi DNA yang efektif dan efisien, sehingga bisa mengurangi biayadan penghematan waktu dalam pengerjaan di laboratorium. Penelitiandilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler, Balai Besar Penelitiandan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BBBiogen), Bogor pada bulan Juli-September 2010. Materi genetik yangdigunakan adalah contoh daun muda tanaman kemiri sunan yang diambildari kebun koleksi plasma nutfah dan kebun Agro Widya Wisata,Pakuwon, Balai Penelitian Tanaman Rempah dan Aneka Tanaman Industri(BALITTRI), Sukabumi. Sedangkan bahan lain adalah paket bahan kimiayang digunakan dalam kegiatan isolasi DNA pada umumnya. Kegiatanmeliputi beberapa tahapan: ekstraksi dan purifikasi DNA, pengukurankonsentrasi dan kemurnian DNA serta amplifikasi DNA. Hasil ekstraksiDNA kemiri sunan dengan menggunakan kombinasi penambahanantioksidan polivinilpolipirolidon (PVPP) dan mercapto-ethanol, namuntanpa penggunaan nitrogen cair, ataupun penyimpanan lebih lama (overnight) dari ekstrak daun yang telah digerus sebelum dilakukan purifikasiseperti yang sering dilakukan untuk tanaman tahunan pada umumnya,memperlihatkan hasil yang sangat memuaskan, dimana DNA mempunyaikualitas dan kuantitas yang sangat baik serta pola pita amplikon DNAterlihat sangat jelas dan tebal, sehingga bisa dikatakan bahwa teknik isolasiDNA yang dipakai dalam kegiatan ini adalah sangat memberikan hasilyang nyata dan memenuhi syarat untuk digunakan dalam ekstraksi DNAkemiri sunan.Kata kunci: Reutalis trisperma, optimasi, isolasi, purifikasi, DNAABSTRACTOptimation of DNA isolation and purification techniques on Reutalistrisperma (Blanco) Airy ShawReutalis trisperma is well known as a potential plant whichproduces biodiesel and to be used for the conservation as well. Thereutalis oil is toxic, therefore it is inedible due to about 50% α-eleostearatacid content in the oil. As a potential plant, its information in more detail isneeded including the DNA analysis. There are many techniques to conductDNA isolation depending on kind of plants, plant organ, or plant tissuethat will be analyzed. The aim of this experiment was to find theeffectiveness and efficiency techniques of DNA isolation and purification,so they can reduce cost and time while working in the laboratory. Theexperiment was conducted at Molecular Biology Laboratory of IndonesianCenter for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Researchand Development (BB BIOGEN), Bogor from July to September 2010.Young leaves of reutelis used as genetic materials were taken fromgermplasms collection at Pakuwon Experimental Station of IndonesianSpice and Industrial Crops Research Institute (ISICRI), Sukabumi. Whilesome chemicals were used as the other material. The activities were asfollows : DNA extraction and purification, measurement of DNAconcentration, and amplification of DNA. Deletion of resistor enzyme-polysacharide, especially for perennial plant. DNA isolation can be doneby breaking down of cell wall, cell membrane, and nuclear membrane. Theresults showed that conscientiousness of DNA isolation and purificationdenoted an important step to obtain clean and contaminant free of DNA, sothe banding patterns were clear. In this technique did not usepolypinilpolypirolidone (PVPP) and mercapto-ethanol such as antioxidant,liquid nitrogen, neither over night storage of leaf extraction before used forpurification which is often used for perennial plant. In addition the resultsshowed that band pattern of DNA was very thick and clear, therefore thistechnique can be applied for DNA isolation on Reutalis trisperma.Key words: Reutalis trisperma, optimization, isolation, purification, DNA