IDENTIFIKASI MARKA RGA (RESISTANCE GENE ANALOG) UNTUK SIFAT KETAHANAN BUSUK PANGKAL BATANG PADA PLASMA NUTFAH LADA (Piper nigrum) - Sri Koerniati; Dwinita W. Utami (Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan, 2013)
Metoda seleksi bahan tanaman lada (Piper nigrum) tahan penyakit busuk pangkal batang (BPB) secara cepat sangat diperlukan oleh pemulia tanaman lada. Motif Nucleotide Binding Site (NBS) P-loop, kinase2, GLPL, MDHV, dan Leucine-rich repeat (LRR) dari gen ketahanan pada Arabidopsis bersifat conserved dan telah digunakan untuk mengidentifikasi Resistance Gene Analog (RGA) pada spesies lain. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi marka RGA untuk membedakan tanaman tahan dan tidak tahan terhadap penyakit BPB. Penelitian dilakukan di laboratorium biologi molekuler, BB BIOGEN, Bogor, menggunakan tanaman F1 dan varietas lada (induk) dan 12 primer RGA yang didisain untuk mengamplifikasi motif NBS dan LRR. Hasil penelitian menunjukkan RGA lada dikelompokkan ke dalam grup Toll/Interleukin-1 Receptor homology (TNL). Diindikasikan sifat tahan terhadap BPB timbul ketika fragmen RGA NBS-MDHV diamplifikasi dengan primer RGA8 atau fragmen LRR yang diamplifikasi dengan primer RGA7 berasal dari kedua tetua, berada pada tanaman F1. Fenomena ini ditunjukkan oleh F1 24-2, F1 13-6 dan F1 N2BK-1. F1 24-2, F1 13-6 dan tetua betina varietas LDL memiliki dua fragmen LRR, sedangkan tetua jantan P. hirsutum memiliki pola fragmen LRR dan NBS-MDHV yang berbeda, baik jumlah dan atau posisinya, dibandingkan dengan tiga tersebut. Fenomena ini lebih jelas pada F1 N2BK-1 yang memiliki dua fragmen LRR, tebal dan tidak tebal, indikasi berasal dari kedua tetuanya, Natar2 (memiliki dua fragmen LRR yang tebal) dan Besar Kota Bumi (memiliki dua fragmen LRR yang kurang tebal). Primer RGA7 dan RGA8 bisa dijadikan kandidat marka genetik RGA untuk membedakan lada tahan dan tidak tahan terhadap penyakit BPB, dan hasil ini perlu dikonfirmasi pada tanaman F2.