Desain Primer Berdasarkan Gen Mt-12s Rrna untuk Mendeteksi Cemaran Daging Babi pada Produk Olahan Asal Daging Sapi dengan Metode Multipleks-Pcr - Sitompul, Yeremia Yobelanno; Artanto, Sidna (IPB University, 2020)
Kasus pencampuran daging babi pada produk olahan asal daging sapi yang meresahkan masyarakat, terutama yang beragama Islam, masih ditemukan di Indonesia. Metode multipleks Polymerase Chain Reaction (multipleks-PCR) dapat mendeteksi cemaran daging babi pada produk olahan asal daging sapi. Metode ini menggunakan beberapa primer spesifik yang dapat mengamplifikasi beberapa target DNA dalam satu kali reaksi. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer spesifik untuk digunakan dalam mendeteksi cemaran daging babi pada produk olahan daging sapi menggunakan metode multipleks-PCR. Pertama-tama, primer didesain secara in silico menggunakan perangkat lunak bioinformatika MegAlign, Seqbuilder, dan AmplifX. Desain ini menggunakan gen mt-12s rRNA sebagai dasarnya. Primer yang didesain berupa dua primer forward untuk sapi: 5’-AGATTCACTGCATCTAACCCT-3’ dan babi: 5’-CTACATAAGAATACCCACCATACG-3’, serta satu primer reverse universal untuk sapi dan babi: 5’-CCAAGCACACTTTCCAGTATG-3’ Amplikon yang terbentuk secara in silico dari primer tersebut untuk DNA sapi 91 bp, sementara pada babi sebesar 230 bp. Selanjutnya, primer diuji untuk mengamplifikasi DNA daging sapi, daging babi, campuran kedua daging, dan produk olahan asal daging sapi, yaitu bakso sebanyak dua belas sampel. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa primer hasil pendesainan dapat digunakan untuk mengamplifikasi target DNA dari daging sapi, daging babi, campuran kedua daging, dan produk olahan. Dengan demikian, primer hasil pendesainan ini terbukti dapat digunakan dalam metode multipleks-PCR untuk mendeteksi cemaran daging babi pada produk olahan sapi.