Perbedaan Primer RAPD dan ISSR dalam Identifikasi Hubungan Kekerabatan Genetik Jeruk Siam (Citrus suhuniensis L. Tan) Indonesia - Agisimanto, Dwi; Martasari, C; Supriyanto, Arry (Indonesian Center for Horticultural Research and Development, 2007)
ABSTRAK. Jeruk siam Indonesia tersebar di berbagai sentra produksi dengan nama yang berbeda menurut lokasi adaptasi. Morfologi jeruk-jeruk tersebut terlihat sama, dengan beberapa karakter spesifik yang berbeda. Penelitian bertujuan membandingkan kemampuan primer RAPD dan ISSR dalam mendeteksi kekerabatan di antara jeruk siam. Sampel DNA dari 19 jenis jeruk siam telah diisolasi dari daun dan diamplifikasi dengan 5 buah primer tunggal RAPD dan ISSR. Produk amplifikasi RAPD dipisahkan dalam gel agarose, sedangkan produk ISSR dalam gel poliakrilamid. Statistik pita DNA dan data matriks setiap tipe primer dihitung dan dendogram terbangun berdasarkan analisis kluster menurut UPGMA menggunakan metode SHAN pada program NTSys-PC versi 2,10. Sebanyak 2.605 buah pita DNA dan 240 lokus telah dieksplorasi oleh primer ISSR, sedangkan dengan primer RAPD hanya 515 dan 38 buah. Dari jumlah pita tersebut lokus polimorfisme primer ISSR 90,08% lebih tinggi dibanding primer RAPD. Sebanyak 16 pita spesifik dijumpai pada jeruk siam Banyuwangi 1, siam Purworejo 1, siam Madu, dan siam Banjar 2 oleh primer ISSR, dan 6 pita pada siam Lumajang 1 dan siam Banjar 3 oleh primer RAPD. Perbedaan statistik pita DNA yang dieksplorasi tersebut berhubungan dengan akurasi kemiripan dan jarak genetik jeruk-jeruk siam pada dendogram yang terbangun. Dendogram yang terbangun oleh primer ISSR memperlihatkan keragaman jeruk siam yang lebih tinggi dengan jarak genetik yang lebih tinggi. Kedekatan hubungan di antara jeruk-jeruk siam ini terbanyak pada kisaran 84-100% (RAPD) atau 74-92% (ISSR). Fokus lebih jauh harus ditujukan kepada identifikasi keragaman siam berdasarkan primer dengan sekuen mikrosatelit yang sudah terpaut kepada sifat tertentu untuk lebih memastikan keragaman siam komersial tersebut.ABSTRACT. Agisimanto, D., C. Martasari, and A. Supriyanto. 2007. Differentiation Between RAPD and ISSR Primer on Genetic Diversity Identification of Siam (Citrus suhuniensis L. Tan) from Indonesia. siam was widely cultivated in several citrus growing areas with some local names. Their high adaptability to difference areas, create difficulties in deciding their original varieties. The objective of the research was to compare RAPD and ISSR primer on the genetics similarities identification among siam cultivars. DNA samples from 19 varieties were isolated and amplified by 5 RAPD and ISSR primers. Amplification products of RAPD were separated in agarose gel, while ISSR in PAGE. The DNA fragments from both primers were scored and dendogram were built based on UPGMA of NTSYS-PC version 2.10. About 2605 DNA fragments and 240 loci were scored from ISSR primers, while RAPD were 515 and 38 respectively. A total number of polymorphism loci of ISSRs were 90.08% higher than RAPDs. About 16 specific loci were identified from siam Banyuwangi 1, siam Purworejo 1, siam Madu, and siam Banjar 2 by ISSR primers, and 6 specific loci from siam Lumajang 1 and siam Banjar 3 by RAPD primers. Two dendogram were established from the primers. Coeficient similarity of siam cultivars revealed by ISSR was lower, ranging from 74 to 92%, than RAPD (84-100%). Future activities should be focused on diversity studies of siam by using primer based on microsatellite sequences which are link to specific characters.