KAJIAN BARCODE ANGGREK OBAT DENDROBIUM BERDASARKAN SEKUEN GEN MATK, RBCL DAN ITS - Mukhamad Su'udi (LPPM Universitas Negeri Jakarta, 2019)
Peningkatan penggunaan obat tradisional dari anggrek obat seperti Dendrobium sebagai alternatif pengobatan terus meningkat. Namun, tidak diimbangi dengan budidaya anggrek obat tersebut sehingga masih banyak eksploitasi yang dilakukan di habitat aslinya. Konservasi, implementasi dan penerapan undang-undang internasional yang membatasi perdagangan ini masih dapat dilanggar karena spesies tersebut tidak selalu diperdagangkan secara morfologis tetapi dalam bentuk simplisia sehingga dibutuhkan identifikasi spesies berbasis sekuen DNA melalui DNA barcoding. Studi in silico ini memanfaatkan data di Genbank (NCBI) selanjutnya sekuen DNA dikoleksi dari beberapa gen yaitu matK, rbcL, dan ITS. Data dianalisis menggunakan pendekatan bioinformatik, CLUSTAL X untuk menentukan tingkat homologi antar sekuen melalui pensejajaran (alignment) sekuen, identifikasi sekuen yang berpotensi sebagai barcode, dan pembuatan pohon filogenetik. Hasil dari analisis bioinformatik menunjukkan bahwa alignment dengan menggunakan lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, meski demikian rbcL dapat menunjukkan karakter spesifik dari D. crumenatum yang berpotensi sebagai barcode. Sedangkan pada lokus ITS terdapat karakter spesifik dari D. subulatum meskipun ITS memiliki tingkat variasi genetik yang lebih tinggi dengan homologi yang rendah dibandingkan gen matK dan rbcL. Lokus matK dari semua spesies memiliki tingkat homologi yang tinggi, sehingga tidak didapatkan sekuen yang berpotensi sebagai barcode.