DETEKSI PENYAKIT SCALE DROP PADA IKAN KAKAP PUTIH Lates calcarifer BLOCH - Isti Koesharyani; Agus Sunarto; Ketut Sugama (Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan, 2020)
Ikan kakap putih Lates calcarifer BLOCH sudah banyak dibudidayakan baik dalam bak di daratan ataupun dalam karamba jaring apung (KJA) di laut. Pada tahun 2010, terjadi kematian massal pada ikan kakap yang dipelihara dalam karamba jaring apung (KJA) di Batam dari ukuran 0,3 hingga 2 kg. Patogen penyebab kematiannya belum terkonfirmasi. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah untuk mendeteksi dan menentukan jenis patogen penyebab kematian ikan kakap putih yang dibudidayakan dalam KJA. Analisis deteksi dan penentuan jenis patogen dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Penyiapan sampel untuk analisis PCR diambil dari organ internal ikan kakap yang sakit, berupa limfa, ginjal, mata, dan otak yang diawetkan dalam larutan etanol 90%. Analisis PCR dilakukan menggunakan dua jenis primer spesifik megalocytivirus yaitu red sea bream iridovirus (RSIV) and scale drop disease (SDD). Hasil analisis menunjukkan adanya band spesifik pada 643 base pair (bp), yang berarti terkonfirmasi positif terinfeksi oleh SDD yang disebabkan oleh novel megalocytivirus dan ini merupakan kasus pertama terjadi di Indonesia, namun negatif terhadap infeksi RSIV. Analisis separasi susunan nukleotida melalui sekuensing, menunjukkan bahwa SDD dari sampel ikan kakap dari KJA Batam mirip 100% dengan SDDV yang berasal dari Singapura yang tersimpan di GenBank dengan nomor aksesi KRI.139659. Dari hasil penelitian ini terkonfirmasi bahwa virus scale drop disease adalah penyebab kematian massal ikan kakap dalam KJA di Batam. Untuk menghindari penyebaran virus SDD ke daerah lain di Indonesia disarankan untuk tidak menggunakan induk dan benih ikan kakap yang berasal dari Batam dan Singapura.Seabass, Lates calcarifer Bloch has been widely cultured in various land-based and marine farming systems. In 2010, widespread mass mortality of cultured seabass had occurred in floating fish cages in Batam coastal waters, particularly affecting the cultured fish sized between 0.3 and 2.0 kg. The pathogen suspected to cause the mortality has not yet been confirmed. The aim of this study was to determine and detect the pathogen that causes the fish mortality. Polymerase chain reaction (PCR) method was used in this research. The initial research stage involved the collection of the tissues of internal organs such as spleen, kidney, eye, and brain from the moribund fish and preserved in 90% ethanol solution. The PCR analysis was performed using two pair specific primers of megalocytivirus, red sea bream iridovirus (RSIV), and scale drop disease (SDD). The result of the analysis showed that the specific band appeared at 643 base pair (bp), confirming the positive infection of SDD belonged to the novel megalocytivirus. This research finding is the first report of the occurrence of novel megalocytivirus in Indonesia despite the negative detection of RSIV infection. The subsequent analysis of nucleotide structures by sequencing revealed that the Batam SDD had a 100% similarity to that of Singapore SDDV reported at GenBank with the accession number of KRI.139659. The present results confirmed that the pathogen infecting the cage culture of seabass in Batam is the SDD virus and caused high mortality rate. This research recommends prohibiting the use of broodstock and seed of seabass from either Batam or Singapore in order to avoid the spread of the SDD virus to other seabass mariculture areas in Indonesian.