Djohan Effendi, Ahmadiyah dan Pluralisme dalam Buku Pesan-pesan Al-Qur'an - Yusuf Pandam Bawono (Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyrakat, 2019)
Penafsiran Djohan Effendi tidak lepas dari keyakinan yang selama ini ia perjuangkan dan konteks lingkungan di mana ia hidup. Penafsirannya berpihak kepada minoritas, khususnya Ahmadiyah. Pluralisme Djohan Effendi sesungguhnya dapat dibagi kepada beberapa poin penting, di antaranya; (1) Keragaman merupakan hal niscaya; (2) Berlomba dalam amal kebaikan; (3) Prioritaskan perdamaian. (4) Pembelaan terhadap kaum minoritas. (5) Kecaman ekslusivisme dan kebebasan beragama. (6) Dialog dengan antar umat beragama. Khusus dalam poin keempat terlihat indikasi kecenderungan penafsiran Djohan dalam Pesan-Pesan Al-Qur’an yang berpihak terhadap kaum minoritas, khususnya Ahmadiyah. Ungkapan tidak tertipu dengan keyakinan yang dianut mayoritas. Tidak mudah menuding sesat. Tidak merusak tempat ibadah. Berbuat adil kepada makhluk. Bahkan Djohan tak segan mengkritik pemerintah yang dianggapnya kerap tidak melindungi hak minoritas.