STUDI BIOINFORMASI URUTAN ASAM AMINO DAN STRUKTUR 3D PROTEIN ALDOLASE KELAS II (AldII) DARI Uncultured Acidilobus sp. - Nishia Waya Meray; Suharti Suharti; Akhmaloka Akhmaloka (Universitas Airlangga, Campus C Mulyorejo, Surabaya, Indonesia, 2021)
Pada penelitian sebelumnya fragmen gen 1,9 kb telah berhasil diisolasi dari Kawah Domas, Jawa Barat melalui pendekatan metagenom. Fragmen tersebut diketahui mengandung daerah Open Reading Frame (ORF) utuh dari gen pengkode aldolase kelas II dari uncultured Acidilobus sp. yang kemudian disebut sebagai aldII. Fragmen gen aldII tersebut berhasil diekspresikan menjadi protein termostabil aldolase kelas II yang kemudian disebut sebagai AldII. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan studi bioinformasi terhadap protein AldII tersebut. Protein AldII kemudian diketahui memiliki massa molekul 21,2 kDa dengan rumus molekul C940H1539N261O281S8. Total residu bermuatan negatif (Asp + Glu) sebanyak 22 residu, sedangkan total residu bermuatan positif (Arg + Lys) adalah 18 residu. Nilai pI teoritis AldII sebesar 5,86. Hasil perhitungan indeks kestabilan protein ini adalah 36,61 dan diklasifikasikan sebagai protein yang stabil. Lewat penjajaran dengan homologi terdekat, ditemukan daerah lestari yang dapat menunjukan residu yang mungkin berperan dalam pengikatan logam dan sisi aktif. Prediksi struktur 3D dilakukan secara ab initio, menunjukan adanya 6 struktur β-sheet dan 6 struktur α-heliks. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa protein AldII dari uncultured Acidilobus sp. diduga memiliki aktivitas enzimatik.