Variasi Genetik Berdasarkan Penanda Molekular Random Amplified Polymorphic DNA Pada Jamur Shiitake (Lentinula edodes) - Nuraeni Ekowati; Rina Sri Kasiamdari; Nursamsi Pusposendjojo; C.J. Soegihardjo (Universitas Atma Jaya Yogyakarta, 2011)
Penelitian ini bertujuan mengetahui variasi genetik jamur Lentinula edodes asal Malang, Cianjur, Lembang, dan Yogyakarta serta mendapatkan primer terseleksi untuk identifikasi L. edodes secara molekular. Penelitian dilakukan di Laboratorium Genetika, Fakultas Biologi, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. Tahapan penelitian terdiri atas ekstraksi DNA dari miselium empat isolat L. edodes dan satu sampel outgroup (Pleurotus ostreatus), amplifikasi DNA dengan teknik PCR-RAPD menggunakan delapan jenis primer (OPA 1, OPA 2, OPA 3, OPA 4, OPA 7, OPA 8, OPA 9 dan OPA 10), elektroforesis menggunakan gel agarosa dan pengamatan pita DNA dengan UV transluminator. Data pita DNA dianalisis dengan software NTSYSpc21 untuk menentukan tingkat similaritas, jarak genetik dan untuk mengkonstruksi dendrogram berdasarkan metode UPGMA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa semua primer yang digunakan dapat mengamplifikasi DNA sampel dan satu diantaranya (OPA 4) tidak dapat menunjukkan adanya polimorfisme pada keempat isolat. Ukuran fragmen DNA teramplifikasi berkisar antara 129ï€1774 bp. Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa antara isolat L. edodes asal Malang, Cianjur, Lembang dan Yogyakarta terdapat variasi genetik dengan jarak genetik antara 78ï€86%. Polimorfisme tertinggi (83,33%) diperoleh menggunakan primer OPA 2.