Keragaman Genetik Genotipe Mutan Cabai (Capsicum annuum L.) Hasil Iradiasi Sinar Gamma Berdasarkan Penanda Mikrosatelit - Kristianto Nugroho; Trikoesoemaningtyas Trikoesoemaningtyas; Muhammad Syukur; Puji Lestari (Universitas Gadjah Mada, 2022)
Analisis keragaman genetik mutan perlu dilakukan untuk melihat sejauh mana perubahan genetik yang terjadi dibanding varietas asalnya. Mikrosatelit merupakan penanda molekuler yang dapat dimanfaatkan dalam analisis keragaman genetik mutan karena keberadaannya yang melimpah dalam genom tanaman, reproduksibilitas tinggi polimorfisme tinggi, dan bersifat kodominan. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk menganalisis keragaman genetik genotipe mutan cabai hasil iradiasi sinar gamma menggunakan penanda mikrosatelit serta memperoleh informasi tingkat polimorfisme dari penanda mikrosatelit yang digunakan. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November 2020 hingga Februari 2021 di Laboratorium Biologi Molekuler BB Biogen Bogor. Sebanyak sepuluh genotipe mutan cabai hasil iradiasi varietas Lingga generasi M2 yang menunjukkan perubahan pada ukuran buah dianalisis keragaman genetiknya menggunakan 27 penanda mikrosatelit. Kontruksi pohon filogenetik dan matriks kesamaan genetik dibuat menggunakan perangkat lunak NTSYS versi 2.1 sedangkan analisis polimorfisme marka dilakukan mengggunakan PowerMarker 3.25. Analisis filogenetik menunjukkan adanya pemisahan antara varietas Lingga dan genotipe mutan menjadi dua klaster pada koefisien kemiripan genetik 0,57. Dari kesepuluh genotipe mutan yang dianalisis terdapat tiga genotipe mutan dengan kemiripan genetik terendah dari varietas Lingga yaitu L275, L312, dan L352 dan satu genotipe dengan kemiripan genetik paling tinggi dengan varietas Lingga yaitu L106. Analisis tingkat polimorfisme menunjukkan bahwa terdapat enam penanda mikrosatelit dengan tingkat informativitas tinggi (PIC >0,7) yang dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik mutan maupun sebagai alat bantu seleksi pada generasi selanjutnya.