ANALISIS FILOGENETIK SUBUNIT ALFA DNA POLIMERASE III DAN ERROR-PRONE DNA POLIMERASE DARI GENUS RHODOBACTER - Apituley, Edwin Thomas; Killay, Amos (Pattimura University, 2022)
Sekuens nukleotida dari gen dnaE yang mengkodekan subunit alfa dari DNA polimerase III maupun sekuen asam amino produknya dari genus Rhodobacter dan beberapa genus yang berhubungan dianalisis untuk menentukan hubungan evolusioner mereka. Metode Maximum Likelihood dan model Kimura 2 parameter masing-masing untuk mengkonstruksi pohon filogenetik dan mengukur jarak genetik. Pohon filogenetik berdasarkan sekuen nukleotida dari gen yang mengkodekan subunit alfa dari DNA polimerase III dibandingkan terhadap pohon filogenetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA, Genus Rhodobacter maupun genus lain yang diuji memiliki 2 jenis dnaE, diberi nama dnaE1 dan dnaE2. Perbandingan pasangan sekuen menunjukkan bahwa persentase keidentikan sekuen antara kedua jenis gen dibawah 50 persen untuk sekuens nukleotida dan 25 persen untuk sekuen asam amino. Satu anggota genus Rhodobacter, R.sediminicola JA983 memiliki tiga salinan gen dnaE dengan rentang keidentikan 40 persen hingga 54 persen untuk sekuen nukleotida dan 22.6 hingga 50.6 persen untuk sekuen asam amino. Pohon filogenetik berdasarkan sekuen nukleotida dnaE memiliki dua percabangan utama, masing-masing mewakili dnaE1 dan dnaE2. Topologi dari pohon filogenetik berdasarkan gen dnaE memiliki kemiripan terhadap pohon filogenetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA, terutama untuk percabangan dnaE1. R.sediminicola memiliki satu salinan gen pada percabangan dnaE1 dan dua salinan gen pada percabangan dnaE2, pada pohon filogenetik berdasarkan sekeun gen dnaE, dan dianotasi sebagai dnaE2.1 dan dnaE2.2.