Aktivitas Antibakteri Sponge Agelas Nakamurai Terhadap Bakteri Gram Negative: Study In Vitro dan In Silico - Walter Balansa; Lis C. Lukas; Frets J. Rieuwpassa; Aprelia M. Tomasoa (Faculty of Science and Technology University Ibrahimy, 2023)
Bakteri gram negatif tetap menjadi ancaman serius bagi akuakultur, ekonomi, dan kesehatan manusia. Ironisnya, sementara antibiotik yang efektif belum ditemukan, resistensi bakteri ini terhadap berbagai antibiotik meningkat dengan kecepatan yang mengkhawatirkan. Hal ini menunjukkan urgensi penemuan antibiotik baru, terutama antibiotik yang dapat menghambat replikasi enzim seperti DNA gyrase atau topoisomerase IV, yang saat ini menjadi target baru penemuan antibiotik. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui potensi antibakteri Agelas nakamurai terhadap A. hydrophila, A. salmonicida dan E. tarda menggunakan ekstrak spons (1, 10, dan 100) mg/mL dan tetrasiklin (1 mg/mL) sebagai kontrol positif dan memprediksi potensi antibakteri dari agelasine A-F (1-6) dan agelasidine A (7) dari A. nakamurai dari Kepulauan Sangihe terhadap protein topoisomerase IV melalui docking molekuler. Uji in vitro dilakukan dengan menggunakan metode Kirby Bauer dengan sedikit modifikasi dan studi in silico menggunakan CB-dock 2 dan Protein Ligand Interaction Profiler. Meskipun ekstrak menunjukkan aktivitas antibakteri yang lebih lemah terhadap A. hydrophila, A. salmonicida dan E. tarda dibandingkan tetrasiklin, molekul docking dengan CB-dock 2 menunjukkan bahwa agelasine A-F (1-6) dan agelasidin A (7) memiliki afinitas pengikatan yang lebih kuat (-7.1). hingga -8,6 kJ/mol) daripada tetrasiklin (10), ciprofloksasin (11) atau levofloksasin (12) (-6,6 hingga -8,3 kJ/mol). Docking molekuler pada agelasidin C (9) dan D (10) juga menunjukkan afinitas pengikatan yang kuat (-8,3 dan -8,8 kJ/mol) ke protein target 1S16 terutama akibat ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik. Secara kolektif, hasil ini menunjukkan potensi agelasidin A, C dan D sebagai modulator dari target antibiotik baru, enzim topoisomerase IV.