Optimalisasi Metode Ekstraksi DNA Daun, Kulit Kayu dan Kayu Pinus merkusii - Emilia Emilia; Ashabul Anhar (Fakultas Pertanian, Universitas Syiah Kuala, 2021)
Abstrak. Keberhasilan ekstraksi DNA sangatlah penting dalam proses investigasi genetika molekuler. Penggunaan sampel biasanya berupa organ tanaman muda karena diketahui dapat menghasilkan ekstrak DNA yang bagus. Kayu dan kulit kayu juga berpotensi sebagai sumber DNA karena sifatnya yang mudah didapat. Namun pengujian efektifitasnya untuk spesies Pinus merkusii belum pernah dilaporkan. Tujuan penelitian untuk membandingkan hasil ekstraksi DNA dari tiga jenis sampel dari spesies Pinus merkusii menggunakan tiga metode ekstraksi yaitu metode CTAB, CTAB dengan mercaptoethanol dan DNeasy Plant Mini Kit. Hasil ekstraksi dikuantifikasi menggunakan alat nanophotometer dan divisualisasi dalam gel agarosa. Dari ketiga metode ekstraksi DNA, metode CTAB memperoleh hasil kemurnian DNA yang lebih bagus baik pada uji kuantitas maupun uji kualitas. Semua metode memperoleh nilai optical density ratios di luar rentang kemurnian (λ260/280 = 1,8 – 2,0 ng/µl dan λ260/230 = 2,0 ng/µl) pada sampel kayu, kulit kayu dan sampel daun khusus metode DNeasy Plant Mini Kit dan memperoleh nilai optical density ratios mencapai 1,8-2,0 ng/µl pada sampel daun dari metode CTAB dan metode CTAB dengan mercaptoethanol. Hasil ekstraksi DNA pada metode CTAB dan metode CTAB dengan menggunakan mercaptoethanol tidak menunjukkan hasil pita DNA yang dapat diinterpretasikan sama sekali, sedangkan pada metode DNeasy Plant Mini Kit menunjukkan pita DNA pada sampel KK3 dan D3 dan pada sampel lainnya juga tidak menunjukkan pita DNA yang dapat diinterpretasikan.Kata Kunci: CTAB, Ekstraksi, DNA, DNeasy Plant Mini KitAbstract. The success of DNA extraction is very important in the process of genetic investigations molecular. The use of samples is usually in the form of young plant organs because it is known can produce a good DNA extract. Wood and bark are also potential as source of DNA because it is easy to obtain. However, testing its effectiveness for species of Pinus merkusii has never been reported. The aim of the study is to compare the results of DNA extraction from three types of samples from the Pinus merkusii species using three the extraction methods are the CTAB method, CTAB with mercaptoethanol and DNeasy Plant Mini Kits. The extraction result were quantified using a nanophotometer and visualized in agarose gel. Of the three DNA extraction methods, the CTAB. Method obtain better DNA purity results in both the quantity test and the test quality. All methods obtain optical density ratios outside the purity range (λ260/280 = 1.8-2.0 ng/µl and λ260/230 = 2.0 ng/µl) on wood, bark and leaf samples from specifically for the DNeasy Plant Mini Kit method and obtained optical dencity values ratios reached 1.8-2.0 ng/ µl in leaf samples from the CTAB method and the CTAB. Method with mercaptoethanol. The result of DNA extraction on the CTAB method and the CTAB. Method using mercaptoethanol did not show the result of DNA bands that cound interpreted at all, whereas in the DNeasy Plant Mini Kit method, showsan interpretable DNA band.Keywords: CTAB, Extraction, DNA, DNeasy Plant Mini Kit