Optimasi Ekstraksi DNA dari Spesimen Feses Pasien Kanker Kolorektal - Eustachius Hagni Wardoyo; Yunita Sabrina; Dewi Suryani; Ramses Indriawan (Rumah Sakit Penyakit Infeksi Prof Dr. Sulianti Saroso, 2020)
Latar Belakang: Pasien kanker kolorektal sering mengalami diare, baik itu karena konsekuensi langsung akibat penyakit, efek samping kemoterapi/radioterapi, atau karena adanya infeksi. Perubahan konsistensi feses pasien kolorektal dalam kemoterapi menyebabkan perubahan komposisi feses (jumlah sel bakteri, komposisi inhibitor) yang berbeda pada feses manusia normal. Konsekuensinya ekstraksi DNA bakterial dari feses pasien kanker kolorektal dalam kemoterapi perlu dilakukan optimasi. Tujuan penelitian untuk mendapatkan protokol DNA optimal dari feses cair pasien kolorektal. Metode: Ekstraksi DNA menggunakan Quick-DNA™ Fecal/Soil Microbe Miniprep Kit (Zymoresearch). Terdapat 3 pilihan protokol yang dilakukan, yang mana 2 protokol lainnya yang merupakan modifikasi dari protokol standar yang mengikuti prinsip: 1. Disrupsi mekanis untuk memisahkan sel bakteri dari materi feses dengan modifikasi lama sentrifugasi, 2. Proses binding DNA dengan modifikasi kecepatan sentrifugasi, 3. Proses mendapatkan DNA elusi dengan modifikasi gradien volume buffer DNA. Protokol standar diaplikasikan pada feses kontrol berpasangan usia dan jenis kelamin dan feses sampel, sedang 2 protokol lainnya diaplikasikan hanya pada feses sampel. Rasio absorbansi A260/280 ≥ 1.8 menggunakan Nanodrop™ di aplikasikan pada konsentrasi DNA yang dinyatakan sebagai DNA murni. Pemeriksaan dilakukan sebanyak 3 kali dan reratanya dilaporkan dalam penelitian ini. Hasil: Rasio absorbansi sebesar A260/280 ≥1.8 didapatkan pada protocol ketiga yakni dengan rerata rasio absorbansi A260/280 1.81, sedangkan pada protokol 2 dan 3 feses sampel menunjukkan rerata rasio absorbansi A260/280 1.79 dan 1.81. Kesimpulan: Protokol ketiga dalam penelitian ini merupakan protokol optimal untuk ekstraksi DNA pada sampel feses pasien pasien kanker kolorektal paska keoterapi