Kajian in silico Senyawa yang terkandung dalam Jeruk Pahit dan Adas Bintang terhadap Ribosa-5-Fosfat Isomerase B Mycobacterium tuberculosis (2VVO, 2VVP)menggunakan PyRx Vina-Autodock - Ramadhan, Ghiyats; Santoso, Broto (Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY, 2018)
Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri penyebab penyakittuberkulosis yang sampai sekarang masih menjadi permasalahanpenyakit utama di Indonesia dengan potensi tuberculosis multi-drugresistant (TB MDR) yang meningkat. Kajian in silico dilakukanterhadap target tuberkulosis jalur ribose-5-phospaye isomerase Bdenganvarian protein 2VVO dan 2VVP. Senyawa aktif yang dipakaipada kajian in silico ini adalah dari turunan jeruk pahit (Citrusaurantium). Protein dipisahkan dari residu dan diambil unique-liganddari protein tersebut menggunakan Chimera. Perolehan bindingaffinity sebagai kuantifikasi interaksi antara protein-ligan dilakukandengan PyRx metode Vina Autodock. Visualisasi interaksi liganproteindihasilkan dengan Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP)dan PyMol. Hasil docking menunjukkan bahwa 4 ligand native 1 dan 2(2VVO & 2VVP) memiliki nilai binding affinity sebesar -5,1 sampai -5,9 kkal/mol. Dua senyawaterbaik adas bintang yakni asam salisilatmemiliki binding affinity -4,7 kkal/mol yang tidak lebih baikdibandingkan ligand native, sementara lainnya yaitu heriguardmemiliki nilai binding affinity -5,6 kkal/mol, hal ini lebih baik dari dualigand native dan tidak lebih baik dari dua ligand native lainnya, adasbintang memiliki kesamaan interaksi residu dengan ligand nativeberupa HIS 12, GLY 70, GLY 72, SER 71, ASN 73, GLU 75, dan ARG113. Sementara, untuk senyawa terbaik jeruk pahit (hesperidin danlimonin) memiliki binding affinity lebih baik dari semua ligand nativedengan nilai masing-masing -6,9 kkal/mol dan -7 kkal/mol dengankesamaan interaksi residu HIS 12, GLY 70, SER 71, GLY 72, GLY 74,GLU 75, ARG 113. Nilai binding affinity yang paling kecil (dalam halini jeruk pahit) menunjukkan bahwasanya energi dari senyawa aktifuntuk mengikat protein lebih kecil sehingga diharapkan dapat lebihefektif sebagai anti tuberkulosis.Mycobacterium tuberculosis is a tuberculosis-causing bacteria that isstill a major disease problem in Indonesia with the potential forincreased multi-drug resistant tuberculosis (MDR TB). The silico studywas conducted on the target of ribose-5-phospaye isomerase Bpathogen tuberculosis with variant of 2VVO and 2VVP proteins. Theactive compounds used in this silico study are from bitter orangederivatives (Citrus aurantium). The protein is separated from theresidue and taken unique-ligand from the protein using Chimera. Theacquisition of affinity bindings as quantification of interactionsbetween protein-ligand is done with PyRx method of Vina Autodock.Visualization of ligand-protein interactions is generated with Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP) and PyMol. The docking results