IDENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI PUPUK ORGANIK SISTIM BIOPORI MENGGUNAKAN GEN 16S rRNA - Feren Pangerapan; Suddin Simanjuntak; Decky Kamagi (Universitas Negeri Manado, 2022)
Bakteri dari pupuk organik sistim biopori masih perlu ditentukan kedudukan dalam klarifikasi bakteri. Untuk itu perlu dilakukan identfikasi pada tingkat spesies menggunaan analisis sekuen gen 16S rRNA. DNA bakteri dari pupuk organik sistim biopori di ekstrak untuk di identifikasi secara molekuler menggunakan gen 16S rRNA. Isolat yang diperoleh berasal dari sampel pupuk organik sistim biopori. Bakteri di isolasi pada media NA dengan metode tabur dan di inkubasi pada suhu kamar selama 2x24 jam. Isolate yang tumbuh pada media NA diekstrasi menggunakan Presto Mini gDNA Bacteria KIT. Amplifikasi gen 16S rRNA dengan metode PCR, visualisasi amplikon gen 16S rRNA dengan metode elektroforesis, Amplifikasi DNA target dilakukan dengan menggunakan primer 16sA dan 16sB2. Amplicon-amplikon dielektroforesis menggunakan gel agarose 1,6 dengan DNA Ladder 500-1500bp. Sekuensing menggunakan jasa sekuensing First Base Singapura. Hasil analisis penyelarasan menggunakan program BLAST (www.ncbi.nih.gov.com) 16S rRNA urutan isolat bakteri pupuk organik bp4 sistim biopori menunjukkan kemiripan 98% dengan Bacillus cereus strain MH19 (nomor tambahan CP039269.1). Hasil rekonstruksi filogeni dengan Neighbour Joining, urutan gen 16S Rrna isolate bp4 menunjukkan hubungan terdekat dengan Bacillus cereus strain MH19 (nomor tambahan CP039269.1).