Analisis Filogenetik Kerang Abalon (Haliotis sp.) di Perairan Maluku berdasarkan Sekuen Gen COI - Monalisa Pertiwi Jeriska Taihuttu; Aloysius Duran Corebima; Abdul Gofur (Universitas Negeri Malang, 2019)
Abalon merupakan spesies laut yang memiliki prospek yang cukup baik untuk dikembangkan,mengingat permintaan yang cukup tinggi.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan kekerabatan menggunakan sekuen gen COI sebagai penanda genetik diantara Abalon (Haliotis sp) yang berasal dari 3 lokasi yang berbeda di perairan Maluku, serta beberapa spesies Abalon dari GeneBank. Sampel Abalon diperoleh dari tiga perairan di Maluku, yaitu Desa Hukurila, Desa Seri, Desa Liliboi, masing-masing 2 sampel. DNA sampel diisolasi dan diekstraksi menggunakan QIAamp DNA Mini Kit. Amplifikasi gen target menggunakan sepasang Primer:COI_F (5’ -TGATCCGGCTTAGTCGGAACTGC-3’) dan COI_R (5’GATGTGTTGAAATTACG GTCGGT-3’). primer mengamplifikasi sekuen gen COI sampel Abalon secara parsial dengan panjang 508 nt. Hubungan kekerabatan diperoleh dari data jarak genetik, similaritas genetic dan pohon filogenetik dengan metode Neighbour-Joining dan model substitusi Tamura Nei (TN 93) berdasarkan hasil uji fit model pada software MEGA v7. Hasil penelitian ini menunjukan adanya hubungan kekerabatan antar enam sampel Abalon asal Maluku. Abalon asal Desa Hukurila memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan Abalon asal Desa Seri daripada Abalon asal Desa liliboi. Abalon asal Desa Hukurila (H1,H2) dan Desa Seri (S2,S1) memiliki tingkat similaritas dan nilai bootstrap 80% dengan Haliotis jacnensis asal South Papua, Pulau Tonga, dengan jarak genetik (0,000 - 0,158`). Desa Liliboi (L2,L1) memiliki tingkat similaritas dan nilai bootstrap 91,91% - 100% dengan Haliotis varia asal Australia, dengan jarak genetic (0,188 – 0191).