Studi Bioteknologi Komputasi (Bioinformatika) Senyawa Vitexin Pada Kombucha Bunga Telang Vitexin Sebagai Antioksidan dan Antikanker - M. Fariz Fadillah; Firman Rezaldi; Raisa Fadila; Muhammad Andry; Barolym Tri Pamungkas; Syariful Mubarok; Susiyanti Susiyanti; Vevi Maritha (Fakultas Kedokteran Universitas Sultan Ageng Tirtayasa, 2024)
Manfaat minuman probiotik kombucha bunga telang sebagai produk hasil dari proses fermentasi menggunakan teknologi bioteknologi mengandung berbagai senyawa bioaktif atau metabolit sekunder yang berperan penting dalam menjalankan berbagai aktivitas farmakologinya sehingga memiliki potensi sebagai bahan aktif obat maupun kosmetik. Salah satu senyawa yang berperan penting dan diuji pada penelitian ini adalah vitexin yang berasal dari golongan flavonoid dan memiliki aktivitas sebagai antioksidan maupun antikanker. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk membuktikan bahwa senyawa vitexin memiliki aktivitas dalam menangkal radikal bebas dan kanker secara in silico sebagai gambaran awal untuk pengembangan kandidat bahan aktif obat baru. Metode penelitian yang digunakan berbasis laboratorium kering menggunakan software bioinformatika. Adapaun software yang digunakan pada penelitian ini ialah Discovery Studio 2021, ChemDraw Ultra 8.0, ChemDraw Ultra 8.0 dan MGL Tools 1.5.7. Langkah pertama yang dilakukan ialah mengunduh struktur protein (3ZBF) dari Protein Data Bank (PDB) dan membuat struktur ligan (vitexin). Selanjutnya dilakukan preparasi protein untuk mencegah kemungkinan gangguan dalam proses ikatan antara ligan dan reseptor serta preparasi ligan untuk mencapai bentuk optimal dari ligan yang memiliki konformasi terbaik. Langkah berikutnya adalah validasi docking dengan cara melakukan docking ligan bawaan terhadap protein untuk membandingkan ligan hasil proses docking (ligan validasi) dengan ligan bawaan dan melihat nilai Root Mean Square Deviation (RMSD). Hasil penelitian yang diperoleh yakni senyawa vitexin memiliki nilai energi bebas -6.97 kkal/mol, nilai konstanta inhibisi 7800 nM dan dapat berinteraksi pada asam amino protein ROS, antara lain GLU2027, MET 2029, LEU2086, ASP2033 dan GLY2032 dengan nilai RMSD 1.383 Å. Kesimpulan dari penelitian ini adalah penambatan senyawa vitexin yang terkandung pada kombucha bunga telang terhadap inhibitor ROS memiliki nilai RMSD < 2 Å, mampu berinteraksi dengan asam amino GLY2032 yang merupakan penyebab terjadinya resistensi terhadap inhibitor ROS (Crizotinib)serta dapat memberikan gambaran awal sebagai kandidat obat baru yang diregulasi untuk memiliki aktivitas farmakologi sebagai antioksidan maupun antikanker.