PENAMBATAN DAN SIMULASI DINAMIKA MOLEKULER SENYAWA BIOAKTIF TANAMAN BAWANG DAYAK (Eleutherine Sp.) SEBAGAI INHIBITOR KAPSID VIRUS HEPATITIS B - Bina Lohita Sari; Usep Suhendar; Ridho Hamdani (Sekolah Tinggi Teknologi Industri dan Farmasi Bogor, 2023)
Hepatitis B merupakan penyakit infeksi hati yang disebabkan oleh virus hepatitis B. Kapsid pada virus hepatitis B adalah lapisan yang berfungsi untuk melindungi RNA dan DNA virus dari kerusakan. Tanaman yang diketahui memiliki aktivitas sebagai antivirus adalah bawang dayak. Penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan senyawa hit hasil penambatan dan simulasi dinamika molekuler. Target Makromolekul yang digunakan adalah PDB ID : 5GMZ dan 33 senyawa dari tanaman bawang dayak. Penambatan molekuler menggunakan AutoDock Vina dan validasinya dengan menentukan kurva ROC dan perhitungan nilai AUC, menentukan RMSD secara redocking. Seleksi dengan aturan Lipinski Rule of 5 untuk menghasilkan senyawa yang dapat digunakan secara oral. Simulasi dinamika molekuler menggunakan program Gromacs 5.1.5 dan g_mmpbsa. Hasil seleksi Lipinski Rule of 5 menghasilkan 28 senyawa. Hasil penambatan menunjukkan senyawa Eleuthosida A memiliki nilai afinitas lebih negatif (-7,5 kkal/mol) dibandingkan pembanding 6XU dan isothiafludine (-7,4 dan -6,1 kkal/mol). Simulasi dinamika selama 20ns menunjukkan nilai RMSD dan RMSF Eleuthosida A dalam keadaan stabil dengan okupansi ikatan hidrogen sebesar 18,81% pada asam amino Asp29. Energi bebas MM-PBSA pada senyawa Eleuthosida A merupakan senyawa dengan paling negatif yaitu -133,430 kkal/mol. Berdasarkan hasil tersebut, Eleuthosida A dapat dijadikan kandidat inhibitor kapsid virus hepatitis B.