GEN YANG PALING BERPENGARUH DALAM MENDETEKSI Escherichia Coli DENGAN METODE PCR DAN QPCR: LITERATUR REVIEW - Ida Ayu Preharsini Kusuma; Nyoman Yudi Antara (Ikatan Dosen Menulis, 2024)
Diare adalah penyakit yang dapat terjadi pada dewasa maupun anak-anak. Diare juga menjadi penyakit yang terjadi dibanyak negara khususnya negara berkembang seperti Indonesia. Diare disebabkan oleh berbagai jenis mikroorganisme salah satunya Escherichia coli (E.coli). Bakteri E. coli mempunyai beberapa tipe yang menjadi penyebab terjadinya diare yaitu diantaranya E.coli (EPEC), enterohaemorrhagic E. coli (EHEC), enterotoxigenic E. coli (ETEC), enteroggregative E. coli (EAEC), enteroinvasive E. coli (EIEC) dan diffusely adherent E. coli (DAEC). Salah satu metode deteksi yang berkembang saat ini adalah dengan metode PCR. Untuk itu review ini berfokus pada penentuan gen-gen yang digunakan untuk menentukan tipe strain dari bakteri E.coli. Berdasarkan hasil review, bakteri strain EPEC dan ETEC menjadi tipe strain yang paling banyak diteliti. Metode yang digunakan lebih banyak menggunakan PCR (86,74%) dibandingkan qPCR (13,16%). Selain itu, didapatkan juga gen-gen yang paling sering digunakan untuk mendeteksi tipe strain E.Coli, yaitu gen stx1 dan stx2 (STEC), gen ST/est dan LT/elt (ETEC), gen eae dan bfpA (EPEC), gen ipaH (EIEC), gen DaaE (DAEC), dan gen aggR dan CVD432 (EAEC). Oleh sebab itu, beberapa gen yang sering diteliti yang dihasilkan dari review ini dapat menjadi acuan untuk dijadikan sebagai marker dalam mendeteksi penyakit E. coli beserta tipenya.