Desain Primer In Silico Untuk Amplifikasi Genus Andaliman Dengan Aplikasi Bioinformatika - Batubara, Jesica; Gultom, Reinelda; Hutagaol, Aprinia; Parapat, Gita; Marpaung, Rivaldi; Hafzari, Rini; Ningsih, Ayu; Pasaribu, Rio (Indonesian Journal Publisher, 2024)
Desain primer merupakan tahapan awal dalam proses amplifikasi dan analisis segmen DNA. Desain primer pada proses PCR merupakan hal yang sangat penting karena primer tersebut yang akan menempel pada DNA template lalu mengamplifikasi sekuen target. Penelitian ini bertujuan merancang primer spesifik untuk amplifikasi gen target pada Andaliman, guna mendukung studi molekuler lebih lanjut. Desain primer dilakukan secara in silico menggunakan software MEGA X, Primer3Plus, dan Clone Manager Demo 9. Sekuen gen Andaliman diperoleh dari database NCBI. Hasil analisis menunjukkan bahwa pasangan primer yang dirancang memenuhi kriteria panjang, temperatur leleh, dan kandungan GC yang ideal untuk reaksi PCR. Selain itu, primer juga tidak membentuk dimer atau hairpin yang dapat mengganggu efisiensi amplifikasi. Primer yang telah diperoleh dapat digunakan sebagai dasar untuk pengembangan marka molekuler pada Andaliman, yang berguna untuk identifikasi varietas, analisis filogenetik, dan program pemuliaan.