Detection and molecular identification of Salmonella spp. in traditional shrimp paste (terasi): insights from multiplex PCR and 16S rDNA sequencing : Deteksi dan identifikasi molekuler Salmonella spp. dalam terasi tradisional: analisis menggunakan multiplex PCR dan sekuensing 16S rDNA - Jatmiko, Yoga Dwi; Melianti, Rika Gian; Prihanto, Asep Awaludin (Department of Aquatic Product Technology IPB University in collaboration with Masyarakat Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia (MPHPI), 2025)
Kriteria utama produk pangan berkualitas salah satunya adalah tidak adanya mikroba patogen. Terasi sebagai produk fermentasi tradisional rentan terhadap kontaminasi bakteri yang tidak diharapkan termasuk Salmonella spp. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengidentifikasi Salmonella spp. dalam terasi tradisional menggunakan pendekatan multiplex PCR (mPCR). Sampel yang digunakan mencakup terasi berbahan dasar udang (UA, UB, UC), ikan (IA, IB, IC), serta campuran keduanya (CA, CB, CC). Penelitian ini meliputi isolasi Salmonella, uji biokimia dengan TSIA dan LIA, serta deteksi molekuler menggunakan mPCR. Identifikasi isolat berbasis sekuensing 16S rDNA dilakukan pada sampel yang tidak terdeteksi Salmonella melalui mPCR, baik pada tingkat serovar maupun genus. Hasil isolasi dan karakterisasi biokimia mengonfirmasi keberadaan Salmonella spp. dalam lima sampel terasi (UA, UB, UC, CA, dan CC), dengan densitas bakteri tertinggi ditemukan pada sampel UC (8,3 × 10⁶ CFU/g). Uji TSIA dan LIA lebih lanjut memverifikasi keberadaan isolat Salmonella spp. hanya pada sampel UC sejumlah tujuh isolat, menunjukkan fermentasi glukosa, produksi hidrogen sulfida, serta morfologi koloni khas pada media XLD. Tujuh isolat dalam sampel UC tersebut teridentifikasi melalui mPCR sebagai genus Salmonella, dan satu diantaranya berhasil teridentifikasi sebagai Salmonella Typhimurium (UC8). Hasil sekuensing 16S rDNA menunjukkan bahwa enam isolat yang tidak diketahui serovarnya diidentifikasi sebagai Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newlands, yang untuk pertama kalinya dilaporkan pada terasi di Indonesia. Sementara itu, satu isolat (UC4) yang tidak teridentifikasi pada tingkat genus terkonfirmasi sebagai Proteus mirabilis, yang mengindikasikan adanya kontaminasi non-Salmonella. Temuan ini menyoroti pentingnya peningkatan kebersihan dalam produksi terasi tradisional guna mengurangi risiko kontaminasi mikroba patogen.