DESAIN PRIMER DAN PCR IN SILICO UNTUK DETEKSI BAKTERI Treponema pallidum DENGAN TARGET GEN Acidic repeat protein (arp) PRIMER DESIGN AND PCR IN SILICO FOR DETECRTION OF THE BACTERIA Treponema pallidum TARGETED BY Acidic repeat protein (arp) GENE - Setyawati, Dwi Agustina (Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam As-Syafi'iyah, 2025)
Treponema pallidum adalah bakteri penyebab penyakit sifilis yang berkembang sangat pesat di Indonesia. Metode deteksi molekuler terus dikembangkan, karena spesifik mendeteksi gen dari bakteri T.pallidum. Gen Acidic repeat protein (arp) memiliki imunogenitas yang tinggi dan terbukti menjadi target yang berguna untuk diagnosis infeksi T.pallidum. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mendesain primer dan PCR In Silico untuk deteksi bakteri T.pallidum dengan target gen arp. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan pendekatan studi literatur menggunakan aplikasi In silico Polymerase Chain Reaction (PCR), NCBI (National Center for Biotechnology Information), Primer3Plus, dan Oligo Calculator. Pasangan primer ke-2 ‘5- TTTGGTTTCCCCTTTGTCTC-3’ dan ‘5- TATGCTGAGAAGCGACCTCA-3’, primer ke-4 ‘5- GTTTGGTTTCCCCTTTGTCTC-3’ dan ‘5- TATGCTGAGAAGCGACCTCA-3’, primer ke-5 ‘5- CGTTTGGTTTCCCCTTTGT-3’ dan ‘5- TATGCTGAGAAGCGACCTCA-3’ adalah pasangan primer terbaik karena tidak terjadi formasi hairpin, dimerization, self 3’ complementarity serta dapat mengamplifikasi seluruh genom T.pallidum. Hasil dari penelitian ini yaitu tiga pasang primer spesifik tersebut dapat digunakan untuk deteksi bakteri T.pallidum dengan target gen arp.