DAS-ELISA and RT-PCR Methods for Detection of Potyviruses Infecting Shallot: DAS-ELISA and RT-PCR Methods for Detection of Potyviruses Infecting Shallot - Siregar, Ivan Arif Rachman Martua; Hidayat, Sri Hendrastuti (The Indonesian Phytopathological Society (Perhimpunan Fitopatologi Indonesia), 2024)
Infeksi virus pada tanaman bawang merah di Indonesia merupakan salah satu faktor yang dapat menyebabkan penurunan produktivitas tanaman, terutama karena sifatnya yang terbawa umbi. Deteksi virus untuk memantau insidensi penyakit di lapangan atau memeriksa benih sehat membutuhkan metode yang akurat dan dapat diandalkan. Pada penelitian ini dilakukan deteksi anggota Potyvirus, yaitu Onion yellow dwarf virus (OYDV) dan Shallot yellow stripe virus (SYSV) menggunakan metode double antibody sandwhich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) dan reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) dari sampel daun bawang merah. Sampel daun dikumpulkan dari beberapa daerah penanaman bawang merah di Brebes dan Cirebon. Infeksi OYDV dan SYSV dideteksi menggunakan metode DAS-ELISA, selanjutnya sampel lapangan yang memberikan reaksi positif dipilih untuk deteksi lebih lanjut menggunakan metode RT-PCR dan perunutan asam nukleat dengan sikuensing. Berdasarkan metode DAS-ELISA, infeksi OYDV dan SYSV berhasil dideteksi dari sampel lapangan sebagai infeksi tunggal dan infeksi campuran. Infeksi Potyvirus terkonfirmasi dengan metode RT-PCR dari sampel lapangan yang memberikan reaksi positif dalam ELISA. Analisis sikuen nukleotida menunjukkan infeksi OYDV baik pada sampel yang bereaksi positif dengan antiserum OYDV maupun SYSV. Hasil tersebut mengindikasikan terjadinya reaksi silang antara antiserum OYDV dan SYSV.