ANALISIS SIDIK JARI DNA VARIETAS UNGGUL PADI MENGGUNAKAN MARKA SSR (Simple Sequence Repeats) - Hidayatullah, Akhmad (Institute of Computer Science (IOCS), 2025)
Marka SSR tergolong sebagai marka molekuler yang sangat efektif karena marka ini telah digunakan dalam berbagai studi keragaman genetik atau identifikasi verietas tanaman. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium DNA Balai Besar Perakitan dan Modernisasi Pertanian Tanaman Padi (BRMT Padi) dari bulan Mei sampai bulan Agustus 2012. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat polimorfisme dan tingkat keragaman genetik varietas unggul dan tetua hibrida padi terbaru berdasarkan marka SSR (Simple Sequence Repeats). Hasil penelitian menunjukkan bahwa tingkat polimorfisme dari 36 marka SSR yang dihasilkan memiliki rata-rata sebesar 0,44 dengan nilai PIC berkisar 0,00 (RM1022 dan RM4608) sampai 0,83 (RM1369). Nilai keragaman genetik diperoleh berkisar antara 0,00 (RM1022 dan RM4608) sampai 0,85 (RM1369). Total alel dari 36 primer menghasilkan sebanyak 116 alel dengan rata-rata 3,22 alel/lokus SSR dan termasuk dalam kategori sedang. Pengelompokan 26 genotipe berdasarkan tingkat kemiripan genetik 10% diperoleh enam kelompok atau klaster yaitu klaster II (Inpago 4, Inpago 5), klaster VI (Inpari 20, Inpari 11, Inpari 13, Inpari 17, Inpari 16, Inpari 14, Inpari 15), klaster VII (Inpara 3, Inpara 1, Inpara 2), VIII (Inpari 18, Inpari 19), klaster X (GMJ6B, IR68897B, IR79156B), dan klaster XI (BP51-1, BH95E, Bio9, IR40750), serta lima genotipe yang berdiri sendiri yaitu Inpara 4, Inpago 6, Inpara 5, Inpari 12 dan BH33D.