Simulasi Dinamika Molekul Protein Apo MIP (Macrophage Infectivity Potentiator) dari Legionella pneumophila - Widjajakusuma, Elisabeth Catherina; Naisuri, Arkenjela Girlani; Br. Simatupang, Margaretha Yuliani (Universitas Muhammadiyah Semarang, 2024)
Salah satu faktor virulensi yang dikaitkan dengan beberapa bakteri patogen adalah protein macrophageinfectivity potentiator (MIP). Penelitian ini bertujuan untuk memahami stabilitas protein MIP dalamkeadaan bebas (apo). Salah satu struktur awal protein apo diperoleh dari protein data bank 2VCD denganmenghilangkan Rapamycin, sedangkan dua struktur awal lainnya berasal dari protein apo 2UZ5 dan1FD9. Simulasi dinamika molekul dijalankan pada ketiga protein apo dan dikombinasikan denganpenambahan potensial. Hasil simulasi memperlihatkan bahwa penambahan potensial memiliki efekterbesar pada rongga pengikatan dari protein apo 2VCD, sedangkan kedua protein apo lainnya tidakmenunjukkan perubahan konformasi sebesar protein apo 2VCD. Hal ini menunjukkan fleksibilitas yangtinggi pada protein apo MIP dan adanya perbedaan fleksibilitas bila struktur awalnya berasal darikompleks protein-Rapamycin yang Rapamycinnya dihilangkan. Kata Kunci : protein apo, MIP (macrophage infectivity potentiator), simulasi dinamika molekul