Keanekaragaman Jenis Ikan di Hulu Sungai Opak menggunakan Environmental DNA (eDNA) Metabarcoding - Yudha, Donan Satria; Salsabila, Sophia; Priyono, Dwi Sendi (Universitas Atma Jaya Yogyakarta, 2024)
Penelitian mengenai keanekaragaman jenis ikan di Hulu Sungai Opak DIY sebelumnya telah dilakukan pada tahun 2010 dan 2013 dengan metode konvensional. Akan tetapi, metode tersebut memiliki beberapa keterbatasan. Monitoring menggunakan eDNA metabarcoding diperlukan untuk memperoleh data yang lebih detail dan akurat. Pada penelitian ini, digunakan primer 250 bp 16S Vertebrate. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman jenis ikan di hulu Sungai Opak pada tahun 2022 dengan pendekatan eDNA metabarcoding; mengetahui perbedaan keanekaragaman jenis ikan di hulu Sungai Opak pada tahun 2010, 2013, dan 2022; dan menguji efektivitas identifikasi keanekaragaman jenis ikan menggunakan eDNA metabarcoding di sungai-sungai di Daerah Istimewa Yogyakarta. Metode yang digunakan dalam penelitian ini meliputi sampling air, filtrasi dan preservasi DNA, ekstraksi DNA, PCR dan elektroforesis, sequencing, dan analisis bioinformatik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa teridentifikasi 11 spesies ikan dengan nilai minimum percentage of identical matches sebesar 97%. Jenis ikan yang teridentifikasi pada tahun 2022 lebih banyak dibandingkan pada tahun 2010 dan 2013. Efektivitas penggunaan eDNA metabarcoding dalam identifikasi keanekaragaman jenis ikan di sungai dapat dilakukan secara cepat namun kurang akurat. Ketidakakuratan tersebut disebabkan oleh kontaminasi eDNA, kurangnya spesifitas target sekuens dan primer untuk monitoring ikan, serta database referensi yang belum lengkap untuk ikan air tawar di Indonesia.