KERAGAMAN GENETIK DAN DISTRIBUSI HAPLOGROUP TRENGGILING (Manis javanica Desmarest, 1822) - Reny Sawitri; Mariana Takandjandji; M. S A. Zein; Anita Rianti (Pusat Penelitian dan Pengembangan Hutan, 2014)
Kajian keragaman genetik dari populasi trenggiling (Manis javanica Desmarest, 1822) belum banyak dilakukan. Penelitian ini menganalisis sekuen fragmen D-loop DNA mitokondria trenggiling, yang bertujuanuntuk menyelidiki diversitas genetika trenggiling dari dua populasi, yaitu kawasan konservasi dan lembaga konservasi di Sumatera Utara dan Jawa. Fragmen D-loop DNA mitokondria yang teramplifikasi sepanjang 1129 pasang basa, terdapat 55 haplotipe dengan 120 situs, dan 12 haplogroup. Tiga frekuensi haplotipe tertinggi dijumpai pada H-19 (9,09%), H-15 dan H-43 (3,64%), dan lainnya 1,8%. Jarak genetik antar haplotipe trenggiling berkisar antara 0,001-0,099 dengan rata-rata 0,012. Jarak genetik haplogroup dengan reference berkisar 0.001-0,019; jarak genetik dalam haplogroup berkisar antara 0,003-0,015; jarak genetik antar haplogroup berkisar 0,003-0,021, dan jarak genetik antara haplogroup dengan outgroup berkisar 0,0940,109. Diversitas nukleotida (Pi) sebesar 0,008 dan diversitas haplotipe (Hd) 0,994±0,006, yang menunjukkan keragaman genetik yang tinggi. Hasil Tajima test pada jarak genetik antar haplotipe populasi trenggiling menunjukkan nilai D: -2,337 (berbeda nyata pada taraf P<0,1), sedangkan hasil Fu and Li's test menghasilkan D: -4,444 dan F: -4,337 (berbeda nyata pada taraf P<0,02). Hal ini merupakan indikator tingginya keragaman genetik dan ekspansi populasi trenggiling.