Primer design of DNA suckermouth catfish (Pterygoplichthys sp.) and their aplication in pempek using real Time PCR (RT – PCR): Primer design of suckermouth catfish (Pterygoplichthys sp.) DNA and their aplication in pempek using real Time PCR (RT – PCR) - Suseno, Dedy; Razari, Intan (Department of Aquatic Product Technology IPB University in collaboration with Masyarakat Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia (MPHPI), 2025)
Pempek merupakan salah satu jenis makanan khas dari Sumatra Selatan yang umumnya menggunakan bahan baku ikan tenggiri. Ikan sapu-sapu juga bisa dijadikan bahan baku pembuatan pempek namun beberapa penelitian melaporkan bahwa ikan sapu-sapu yang diambil dari Sungai Ciliwung telah tercemar logam berat dan mikroplastik. Adanya kandungan logam berat dan mikroplastik pada ikan sapu-sapu menjadikan ikan ini berbahaya untuk dijadikan bahan baku pembuatan makanan khususnya pempek. Tujuan penelitian ini, yaitu mendesain primer DNA ikan sapu-sapu serta menganalisis keberadaan kandungan DNA ikan sapu-sapu pada pempek menggunakan RT-PCR dengan penanda berupa dye (EvaGreen). Analisis DNA ikan sapu-sapu menggunakan primer spesifik dan diamplifikasi menggunakan RT-PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer yang digunakan spesifik hanya untuk ikan sapu-sapu saja bila dibandingkan dengan sampel 9 DNA ikan yang lain. Konsentrasi DNA ikan sapu-sapu sebesar 0,00064 ng/µL masih menunjukkan adanya amplifikasi dengan nilai Cq sebesar 38,98. Pada perbandingan antara bahan baku pembuatan pempek dengan daging ikan sapu-sapu (b/b) sebesar 20:1 masih menunjukkan adanya kurva amplifikasi dengan nilai Cq sebesar 23,55. Sebanyak 16 sampel pempek yang digunakan tidak mengandung DNA ikan sapu-sapu karena tidak menunjukkan adanya kurva amplifikasi pada alat RT-PCR.