Eksplorasi Lokus Pup1 pada 55 Genotipe Padi Berdasarkan Analisis Marka Molekuler dan Sekuensing - Tasliah Tasliah; Ma'sumah Ma'sumah; Joko Prasetiyono (Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian, 2016)
Fosfor (P) merupakan unsur penting pada padi yang ketersediaannya di bumi semakin berkurang. Eksplorasi lokus yangberperan dalam penangkapan P (Pup1) pada plasma nutfah padi bermanfaat untuk mendapatkan calon tetua yang toleranterhadap defisiensi P. Penelitian ini bertujuan mengeksplorasi lokus Pup1 pada 55 genotipe padi guna mendapatkan genotipeyang memiliki alel Kasalath dari empat marka spesifik gen-gen di dalam lokus Pup1 dan memiliki kesamaan sekuen yangtinggi dengan sekuen rujukan lokus Pup1. Hasil amplifikasi DNA genomik dari tiga genotipe padi cek, yaitu Kasalath, NIL-C443,dan Nipponbare; 36 padi gogo, 15 padi sawah, dan 1 padi amfibi, menggunakan empat marka spesifik yang berada di dalamlokus Pup1, yaitu K05−1, K20−2 + Bsp12861, K29−1, dan K46−2, menunjukkan bahwa persentase padi gogo yang memilikilokus Pup1 hampir sama dengan padi sawah, berturut-turut 49% dan 47,3%. Tiga genotipe, yaitu Gajah Mungkur, Cabacu, danIR36, memiliki alel Kasalath pada keempat marka yang menunjukkan bahwa genotipe tersebut memiliki lokus Pup1. Kasalath,NIL-C443, Gajah Mungkur, Cabacu, dan IR36 memiliki kesamaan sekuen basa yang bervariasi pada daerah marka K20−2 +Bsp12681 dan K46−2, berturut-turut 54,7−95,2% dan 94,6−97,5%, dibanding dengan sekuen rujukan Pup1. Gajah Mungkur,Cabacu, dan IR36 pada daerah tersebut memiliki kesamaan sekuen basa yang tinggi dibanding dengan sekuen rujukan Pup1(berturut-turut 87,3−92,4% dan 94,6−96%) sehingga ketiga genotipe memiliki potensi sebagai sumber lokus Pup1 yang barumenggantikan Kasalath.