Kekerabatan Beberapa Aksesi Padi Lokal Tahan Hama Penyakit Berdasarkan Analisis Polimorfisme Marka SSR - Wage R. Rohaeni; Untung Susanto; Nani Yunani; N. Usyati (Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian, 2016)
Kegiatan karakterisasi secara genotipik merupakan salah satu sub kegiatan penting dalam pengelolaan plasma nutfah. Filogeni atau pohon kekerabatan berdasarkan data genotipik lebih mampu memperlihatkan berapa jarak genetik antar plasma nutfah. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui Filogeni dan jarak genetik antar plasma nutfah padi lokal unggul koleksi Balai Besar Penelitian Tanaman Padi. Penelitian dilakukan pada bulan April – Desember 2015 di Laboratorium DNA Balai Besar Penelitian Tanaman Padi. Materi genetik yang digunakan adalah 15 padi lokal unggul dan varietas Ciherang yang merupakan varietas popular dilibatkan dalam penelitian sebagai kontrol. Analisa molekuler yang digunakan adalah analisa mikrosatelit SSR (simple sequence repeat) dengan jumlah marka SSR sebanyak 18. Hasil penelitian menunjukkan terbentuk 3 kelompok/cluster besar pada pylogeni yang terbentuk. Cluster 1 terdiri dari genotype: Gadis Langsat, Kebo, Bandang sigadis, Ciherang, Jawa sleman, Marahmay, Takong, Ampek panjang, Benoraja, dan Siawak. Cluster 2 terdiri dari: Ase balucung, Ase bukne, Jadul, Pare lotong, dan Pare pulu. Cluster 3 terdiri dari varietas lokal Kapas. Jarak genetik paling jauh dimiliki antara Pare pulu dan Ampek panjang dengan koefisien jarak genetik 2.054. kekerabatan paling dekat dimiliki antara Siawak dan Padi kuning dengan jarak genetik 0.089.