Genetic Variation Analysis of FSHB Gene Exon 3 in Goats (Capra hircus) Using in Silico Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) - Hendro Sukoco; Hermilinda Parera; Victor Lenda; Nancy Diana Foeh; Dihan Kurnia; Dwi Nurhayati; Muhammad Mirandy Pratama Sirat; Ratna Ermawati; Made Bagus Erlangga; Salmin -; Annisa Putri Cahyani; Ferbian Milas Siswanto (FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN UNIVERSITAS NUSA CENDANA, 2026)
Studi ini bertujuan untuk melakukan analisis in silico awal Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) pada ekson 3 gen Hormon Perangsang Folikel Beta (FSHB) pada kambing (Capra hircus) menggunakan enzim restriksi BspMAI dan PstI. Empat sekuens ekson 3 gen FSHB yang telah dipublikasikan, masing-masing sepanjang 310 bp, diperoleh dari basis data NCBI dan dianalisis dengan digesti restriksi virtual. Hasil analisis memprediksi dua pola restriksi pada sekuens yang dianalisis: pola tidak terpotong sepanjang 310 bp dan pola terpotong yang menghasilkan fragmen sepanjang 200 bp dan 110 bp. Pola tidak terpotong sepanjang 310 bp ditemukan pada tiga sekuens, sedangkan pola 200 bp dan 110 bp ditemukan pada satu sekuens. Hasil ini menunjukkan kemungkinan adanya perbedaan situs restriksi pada atau di sekitar situs pengenalan BspMAI/PstI pada ekson 3 gen FSHB kambing. Namun, karena penelitian ini terbatas pada analisis komputasional sekuens publik dan tidak melibatkan sampel biologis, amplifikasi PCR, pengurutan, pencernaan enzim restriksi langsung, atau validasi elektroforesis, temuan ini masih bersifat pendahuluan. Penelitian lebih lanjut menggunakan penyelarasan sekuens berganda, identifikasi SNP, dan validasi PCR-RFLP laboratorium pada populasi kambing sebenarnya diperlukan untuk mengkonfirmasi potensi penggunaan BspMAI/PstI dalam studi genetika kambing