Analisis Variasi dan Filogenetik Keragaman Gen 16S rRNA pada Staphylococcus aureus Berdasarkan Data NCBI - Muhamad Aditio Apriesta Suharto; Dwi Cantika Juliani Putri; Padila Oktavia Ramdani; Jhulia Dwi Armayanti; Faturrahman; Sarkono (Master’s Program in Biology, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, University of Mataram, 2026)
Staphylococcus aureus merupakan bakteri patogen penting yang sering dianalisis menggunakan gen 16S rRNA karena gen ini memiliki wilayah konservatif yang stabil sekaligus daerah hipervariabel yang informatif untuk kajian filogenetik. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis validitas data, tingkat keragaman genetik, hubungan filogenetik, serta indikasi penyebaran geografis S. aureus berdasarkan sekuens gen 16S rRNA. Sebanyak 60 sekuens gen 16S rRNA yang berasal dari berbagai benua dianalisis menggunakan pendekatan bioinformatika. Hasil analisis menunjukkan bahwa seluruh sekuens memiliki panjang yang bervariasi namun masih berada dalam rentang yang layak untuk analisis filogenetik. Multiple sequence alignment memperlihatkan dominasi nukleotida konservatif dengan jumlah SNP dan situs variabel yang relatif sedikit, menandakan tingkat keragaman genetik yang rendah pada gen 16S rRNA S. aureus. Analisis filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining dengan 500 kali bootstrap menghasilkan empat klaster utama (A–D) dengan tingkat dukungan yang bervariasi, menunjukkan adanya hubungan evolusi yang berbeda antar isolat. Secara keseluruhan, hasil penelitian ini mengindikasikan bahwa gen 16S rRNA S. aureus bersifat relatif stabil dan mendukung penggunaannya sebagai penanda molekuler untuk studi filogenetik dan epidemiologi global.