EVALUASI KERAGAMAN GENETIK IKAN KANCRA DENGAN MENGGUNAKAN MARKER Mt DNA D-loop DAN RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHISM DNA (RAPD) - Estu Nugroho; Jojo Subagja; Sidi Asih; Titin Kurniasih (Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan, 2006)
Variasi genetik ikan kancra yang dikoleksi dari daerah Kuningan (Pesawahan, Gandasoli, dan Ragawacana) dan Sumedang di Jawa Barat telah diteliti dengan menggunakan polimorfisme Mitokondria DNA D-loop dan Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD). Berdasarkan analisis Mt DNA tidak terdapat perbedaan yang nyata antara ras ikan kancra dari empat lokasi tersebut. Sedangkan analisis RAPD menunjukkan perbedaan yang nyata. Panjang daerah Mt DNA D-loop ikan kancra berkisar antara 700–800 bp. Satu komposit haplotype terdeteksi dengan menggunakan 4 enzim restriksi yaitu Rsa I, Nde II, Taq I, dan Sac I pada sekuens D-loop. Dua dari 20 primer RAPD menunjukkan perbedaan yang nyata di antara keempat populasi ikan kancra. Jarak genetik berdasarkan polimorfisme dua primer tersebut adalah 0,349.The aim of this research was to evaluate genetic variability of Tor soro. The genetic variability of Tor soro collected from Kuningan (Pesawahan, Gandasoli, and Ragawacana) and Sumedang, West Java were examined using polymorphism of the mitochondria DNA (MtDNA) D-loop and RAPD markers. Based on MtDNA D-loop analysis, there was no significant different among collection. The length size of MtDNA D-loop region was approximately 700–800 bp. A composite haplotype was detected using four endonuclease i.e. Rsa I, Nde II, Taq I, and Sac I. Two of 20 RAPD primers showed significantly different among collections. Average genetic distance based on the polymorphism of two primers was 0.349.