KERAGAMAN GENETIK IKAN MAS (Cyprinus carpio) VARIETAS RAJADANU TAHAN KOI HERPESVIRUS GENERASI F0 DAN F1 MENGGUNAKAN TIGA LOKUS MIKROSATELIT - Khairul Syahputra; Didik Ariyanto; Erma Primanita Hayuningtyas (Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan, 2016)
Informasi tentang keragaman genetik sangat dibutuhkan pada program pemuliaan melalui kegiatan seleksi untuk menghasilkan induk unggul, seperti pada pembentukan ikan mas Rajadanu tahan infeksi koi herpes virus (KHV). Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi variasi genetik ikan mas varietas Rajadanu tahan infeksi KHV generasi F0 dan F1 dengan menggunakan marka molekuler mikrosatelit. Populasi F0 dan F1 dihasilkan dari kegiatan seleksi bersamaan (independent culling) pada karakter pertumbuhan dan ketahanan terhadap KHV. Seleksi karakter pertumbuhan dilakukan dengan metode seleksi individu (mass selection), sedangkan seleksi karakter ketahanan terhadap KHV dilakukan dengan mengidentifikasi individu yang membawa marka MHC II spesifik pada alel Cyca-DAB1*05. Sebanyak sepuluh individu ikan mas dari setiap populasi digunakan untuk analisis variabilitas mikrosatelit menggunakan tiga lokus mikrosatelit (MFW6, MFW7, dan MFW9). Data alel mikrosatelit diolah menggunakan program Microsoft excel dan dianalisis menggunakan program Fstat dan Arlequin. Hasil penelitian menunjukkan bahwa jumlah alel dari tiap lokus pada masingmasing populasi bervariasi, yaitu berkisar antara 2-5 alel. Rata-rata jumlah alel dan rata-rata heterozigositas teramati pada populasi F0 tidak berbeda dengan populasi F1. Rata-rata jumlah alel pada kedua populasi sebesar 3,33 alel dengan rata-rata nilai heterozigositas teramati sebesar 0,47. Inbreeding teridentifikasi pada populasi F0 dan F1, kedua populasi mempunyai tingkat inbreeding yang relatif sama. Populasi ikan mas tahan KHV pada penelitian ini memiliki keragaman genetik yang relatif rendah sehingga diperlukan monitoring variasi genetik dan skema pemijahan yang baik pada kegiatan seleksi selanjutnya untuk menghasilkan ikan mas tahan KHV yang unggul.Information on genetic diversity is needed in breeding program through selective breeding to produce superior broodstocks, such as on production of Rajadanu strain of common carp resistant to KHV infection. The aim of this study was to evaluate the genetic variation in F0 and F1 of Rajadanu strain of common carp resistant to KHV infection using microsatellite marker. The F0 and F1 populations have been produced by independent culling method on growth and resistant to KHV characters. Selection on growth character was conducted by mass selection method, while selection on resistant to KHV character was conducted by identification the individual of common carp that carrying MHC II marker specific on CycaDAB1*05 allele. Ten individuals representing each population were analyzed for microsatellite variability using three microsatellite loci (MFW6, MFW7, and MFW9). Microsatellite allele data were analyzed using Microsoft Excel, Fstat, and Arlequin software. The result showed that the number of alleles per loci in each population varied ranging from 2 to 5 alleles. The average number of alleles and the average observed heterozygosity in F0 was similar to that of F1. The average number of alleles in both populations was 3.33, while the average observed heterezygosity was 0.47. The F0 and F1 populations showed inbreeding level; inbreeding level in both populations was relatively similar. Common carp populations in this study had relatively low genetic variation, so that monitoring of genetic variation and good spawning scheme were needed on next selection program to produce a superior common carp resistant to KHV.