Kondisi perairan laut Jawa sangat dipengaruhi oleh perubahan parameter oseanografi permukaan dan atmosfer dimana arus permukaan yang berasal dari timur mengikuti arah angin yang bertiup secara bertahap sepanjang tahun. Perubahan arus oleh pengaruh angin menyebabkan proses pergerakan lapisan permukaan laut hingga membangkitkan percampuran horizontal (horizontal mixing) yang pada akhirnya arus tersebut akan mendorong terjadinya pergeseran massa air. Pola pergerakan massa air akan mempengaruhi fluktuasi parameter oseanografi permukaan seperti suhu permukaan laut, klorofil-a dan salinitas. Data Suhu dan Salinitas diperoleh dari data citra satelit yang selanjutnya di visualisasikan menggunakan softwere ODV (Ocean Data View) dengan arah vertikal dari permukaan sampai dekat dasar laut kemudian dianalisis distribusi vertikal temperatur, salinitas, dan densitas mewakili musim Barat, Peralihan I, Timur dan Peralihan II. Suhu permukaan laut saat musim barat dan musim peralihan I lebih tinggi dibandingkan saat musim timur (Agustus) dan musim peralihan 2. Nilai Salinitas dipermukaan laut pada musim barat dan musim peralihan I lebih rendah dari pada musim timur dan Musim peralihan 2. Â